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万見
- PDB-5h7y: Structure of immunity protein TplEi of T6SS from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h7y
タイトルStructure of immunity protein TplEi of T6SS from Pseudomonas aeruginosa complexed with "L" peptide
要素(Uncharacterized protein) x 2
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/PEPTIDE / antimicrobial peptide / effector -immunity complex / inhibitor / HYDROLASE INHIBITOR-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum unfolded protein response / lipid metabolic process / autophagy / host cell endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tle cognate immunity protein 4, N-terminal domain / Tle cognate immunity protein 4 N-terminal domain / Tle cognate immunity protein 4, C-terminal domain / Tle cognate immunity protein 4 C-terminal domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta hydrolase / Tle cognate immunity protein 4 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Gao, X.P. / Mu, Z.X. / Cui, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Beijing Natural Science Foundation7154226 中国
National Natural Science Foundation of China81401714 中国
national natural science foundation of chin81572005 中国
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Prototype Peptides Targeting the Pseudomonas aeruginosa Type VI Secretion System Effector as a Novel Antibacterial Strategy
著者: Gao, X.P. / Mu, Z.X. / Qin, B. / Sun, Y. / Cui, S.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4202
ポリマ－45,4202
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.614, 113.614, 128.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 42315.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA1509 / プラスミド: pDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9I3K3
#2: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 3104.562 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 82-108 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA1510 / プラスミド: pDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9I3K2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / Density meas: 0.01 Mg/m3 / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES, 20%(w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Type Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.13 Å / Num. obs: 25539 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.22 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.69
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 5.51 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.195→32.798 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1294 5.08 %
Rwork0.182 --
obs0.1839 25484 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→32.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 0 153 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1883380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3911466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1953-2.24010.27081410.23742535X-RAY DIFFRACTION97
2.2401-2.28880.29381350.22662627X-RAY DIFFRACTION99
2.2888-2.34210.22551530.18682630X-RAY DIFFRACTION100
2.3421-2.40060.23011310.19252648X-RAY DIFFRACTION100
2.4006-2.46550.24891420.18072657X-RAY DIFFRACTION100
2.4655-2.5380.25371550.18592595X-RAY DIFFRACTION100
2.538-2.61990.22551510.18232636X-RAY DIFFRACTION100
2.6199-2.71350.20261420.17672644X-RAY DIFFRACTION100
2.7135-2.82210.21741260.1822660X-RAY DIFFRACTION100
2.8221-2.95050.30831400.17822628X-RAY DIFFRACTION100
2.9505-3.10590.20781480.18032640X-RAY DIFFRACTION100
3.1059-3.30030.2281290.18342666X-RAY DIFFRACTION100
3.3003-3.55490.2221450.17342638X-RAY DIFFRACTION100
3.5549-3.91210.21661620.17022604X-RAY DIFFRACTION100
3.9121-4.47690.20861550.16692623X-RAY DIFFRACTION100
4.4769-5.63580.19511440.16092634X-RAY DIFFRACTION100
5.6358-32.80120.1921980.21382694X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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