PDB-5h7x: Crystal structure of the complex of Phosphopantetheine adenylyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h7x

タイトル

Crystal structure of the complex of Phosphopantetheine adenylyltransferase from Acinetobacter baumannii with 2-hydroxy-1,2,3-propane tricarboxylate at 1.76 A resolution

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase /

pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Gupta, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Structural and binding studies of phosphopantetheine adenylyl transferase from Acinetobacter baumannii.
著者: Gupta, A. / Singh, P.K. / Iqbal, N. / Sharma, P. / Baraigya, H.R. / Kaur, P. / Umar, M.S. / Ahmad, F. / Sharma, A. / Owais, M. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h7x.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h7x.ent.gz	178.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yh7C 1h1tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nau-1 5h16-d 4nah-d 5o0d-1 5jbn-1 3uc5-1 6chn-1 5o0a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.262, 109.389, 121.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	TRP	TRP	A	A	1 - 163	9 - 171
2	1	MET	MET	TRP	TRP	B	B	1 - 163	9 - 171
1	2	MET	MET	TRP	TRP	A	A	1 - 163	9 - 171
2	2	MET	MET	TRP	TRP	C	C	1 - 163	9 - 171
1	3	MET	MET	TRP	TRP	A	A	1 - 163	9 - 171
2	3	MET	MET	TRP	TRP	D	D	1 - 163	9 - 171
1	4	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 162	9 - 170
2	4	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 162	9 - 170
1	5	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 162	9 - 170
2	5	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 162	9 - 170
1	6	MET	MET	TRP	TRP	B	B	1 - 163	9 - 171
2	6	MET	MET	TRP	TRP	C	C	1 - 163	9 - 171
1	7	MET	MET	TRP	TRP	B	B	1 - 163	9 - 171
2	7	MET	MET	TRP	TRP	D	D	1 - 163	9 - 171
1	8	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 162	9 - 170
2	8	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 162	9 - 170
1	9	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 162	9 - 170
2	9	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 162	9 - 170
1	10	MET	MET	TRP	TRP	C	C	1 - 163	9 - 171
2	10	MET	MET	TRP	TRP	D	D	1 - 163	9 - 171
1	11	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 162	9 - 170
2	11	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 162	9 - 170
1	12	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 162	9 - 170
2	12	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 162	9 - 170
1	13	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 162	9 - 170
2	13	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 162	9 - 170
1	14	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 162	9 - 170
2	14	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 162	9 - 170
1	15	GLY	GLY	TRP	TRP	E	E	-7 - 163	1 - 171
2	15	GLY	GLY	TRP	TRP	F	F	-7 - 163	1 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
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11
12
13
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15

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase 分子量: 19284.963 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: coaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZFC5, UniProt: B0V8I3*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES Na pH 7.5, 1.0M Na citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月22日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→40.61 Å / Num. obs: 103655 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.138 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H1T

1h1t

解像度: 1.76→40.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.37 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25634	1118	1.1 %	RANDOM
R_work	0.20928	-	-	-
obs	0.20978	102125	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.76→40.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7944	0	78	631	8653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.959	1.945	11092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.045	3	17882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.142	5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.393	23.35	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.748	15	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.86	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.213	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.778	3.61	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.772	3.609	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.786	5.387	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.787	5.388	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.797	4.297	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.797	4.297	4228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.396	6.195	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.857	68.997	34124
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.86	68.983	34096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10416	0.11
1	2	B	10416	0.11
2	1	A	10314	0.12
2	2	C	10314	0.12
3	1	A	10454	0.1
3	2	D	10454	0.1
4	1	A	10240	0.11
4	2	E	10240	0.11
5	1	A	10194	0.11
5	2	F	10194	0.11
6	1	B	10470	0.09
6	2	C	10470	0.09
7	1	B	10562	0.09
7	2	D	10562	0.09
8	1	B	10414	0.08
8	2	E	10414	0.08
9	1	B	10364	0.08
9	2	F	10364	0.08
10	1	C	10414	0.11
10	2	D	10414	0.11
11	1	C	10270	0.1
11	2	E	10270	0.1
12	1	C	10290	0.09
12	2	F	10290	0.09
13	1	D	10332	0.11
13	2	E	10332	0.11
14	1	D	10266	0.1
14	2	F	10266	0.1
15	1	E	10830	0.09
15	2	F	10830	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.456	89	-
R_work	0.421	7205	-
obs	-	-	96.3 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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