[日本語] English
万見
- PDB-5h5o: A cyclic-GMP-dependent signalling pathway regulates bacterial phy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5o
タイトルA cyclic-GMP-dependent signalling pathway regulates bacterial phytopathogenesis
要素Diguanylate cyclase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclic GMP / XC0250 / XC0249 / signalling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Nucleotide cyclase / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Nucleotide cyclase / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.122 Å
データ登録者Chin, K.H. / Chou, S.-H.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2013
タイトル: A cyclic GMP-dependent signalling pathway regulates bacterial phytopathogenesis
著者: An, S.Q. / Chin, K.H. / Febrer, M. / McCarthy, Y. / Yang, J.G. / Liu, C.L. / Swarbreck, D. / Rogers, J. / Maxwell Dow, J. / Chou, S.-H. / Ryan, R.P.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年5月24日ID: 4KG1
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase
B: Diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6884
ポリマ－28,9982
非ポリマー6902
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.648, 48.648, 118.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase / XC0249


分子量: 14498.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-151 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain B100) (バクテリア)
株: B100
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: B0RM05
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris pH 7.0, 20% PEG 3350 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 17702 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 18

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.122→24.324 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1676 9.96 %
Rwork0.2234 15156 -
obs0.2295 16832 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.45 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 149.36 Å2 / Biso mean: 37.2962 Å2 / Biso min: 10.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5332 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.5332 Å2-0 Å2
3----1.2671 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.122→24.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 0 46 135 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0982630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.667706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1219-2.18440.37651250.2681174129986
2.1844-2.25480.23111390.21651149128889
2.2548-2.33530.32781320.20721237136992
2.3353-2.42880.30481390.27191243138293
2.4288-2.53920.30951400.23351223136394
2.5392-2.67290.26721430.23491259140296
2.6729-2.84010.3121490.24031295144497
2.8401-3.0590.29151390.23511305144498
3.059-3.36620.29681490.21211310145999
3.3662-3.85160.2631440.22581296144099
3.8516-4.84630.25151390.18351344148399
4.8463-24.32560.31171380.24011321145999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る