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- PDB-5h5h: Staphylococcus aureus FtsZ-GDP R29A mutant in T state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5h
タイトルStaphylococcus aureus FtsZ-GDP R29A mutant in T state
要素Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE / Tubulin/FtsZ family / GTPase / protofilament
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fujita, J. / Harada, R. / Maeda, Y. / Saito, Y. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Shigeta, Y. / Matsumura, H.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
The Japan Society for the Promotion of Science15J00589 日本
The Japan Society for the Promotion of Science26102526 日本
The Japan Society for the Promotion of Science16H00783 日本
The Japan Society for the Promotion of Science15J03797 日本
The Japan Society for the Promotion of Science16H06164 日本
The Japan Society for the Promotion of Science26107004 日本
The Japan Society for the Promotion of Science26105012 日本
The Japan Society for the Promotion of Science24109017 日本
The Japan Society for the Promotion of Science15H04443 日本
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Identification of the key interactions in structural transition pathway of FtsZ from Staphylococcus aureus
著者: Fujita, J. / Harada, R. / Maeda, Y. / Saito, Y. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Shigeta, Y. / Matsumura, H.
履歴
登録2016年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2503
ポリマ－31,7671
非ポリマー4832
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.525, 50.834, 88.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 31766.908 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-316 / 変異: R29A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain MRSA252) (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: ftsZ, SAR1162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GHP9
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 100mM Tris, 43% w/v PEP629, 300mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32530 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/av σ(I): 14.316 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.734.10.9615930.6110.5491.1080.318100
1.73-1.764.20.81116300.7750.460.9340.257100
1.76-1.794.10.72616140.7630.4140.8380.278100
1.79-1.834.20.6216470.8630.3510.7130.338100
1.83-1.874.10.55816110.830.3180.6430.369100
1.87-1.914.10.64616250.3740.380.7510.679100
1.91-1.964.10.56216330.5880.3240.650.682100
1.96-2.024.20.28116330.9480.1580.3230.51100
2.02-2.074.10.34516340.7470.2030.4020.81399.9
2.07-2.1440.27216080.9120.160.3170.87499.9
2.14-2.224.20.19516410.9710.110.2240.798100
2.22-2.3140.25516480.840.1520.2981.39199.9
2.31-2.414.10.15616130.980.0880.181.043100
2.41-2.544.10.14616400.9570.0830.1681.2899.9
2.54-2.74.10.13916280.9790.0790.161.52899.8
2.7-2.914.10.11616470.9850.0650.1331.75399.9
2.91-3.24.10.116270.9880.0560.1151.96799.4
3.2-3.6640.0916390.990.0510.1032.01998.9
3.66-4.613.90.08616280.9860.0490.0991.96198.4
4.61-503.90.08415910.9860.0490.0971.69693.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VOA

3voa


解像度: 1.7→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.662 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.112
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1611 5 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.184 30919 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.97 Å2 / Biso mean: 27.585 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 0 29 244 2468
Biso mean--18.51 35.04 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9833100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97735161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8975318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72526.92391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48215401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.996159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0252.4561233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0212.4551232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0193.6761543
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 119 -
Rwork0.258 2062 -
all-2181 -
obs--90.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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