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万見
- PDB-5h57: Ferredoxin III from maize root -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h57
タイトルFerredoxin III from maize root
要素Ferredoxin-3, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


etioplast stroma / chloroplast stroma / chloroplast / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kurisu, G. / Hase, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JST-CREST 日本
引用
ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the isotype-specific interactions of ferredoxin and ferredoxin: NADP(+) oxidoreductase: an evolutionary switch between photosynthetic and heterotrophic assimilation
著者: Shinohara, F. / Kurisu, G. / Hanke, G. / Bowsher, C. / Hase, T. / Kimata-Ariga, Y.
#1: ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2004
タイトル: Fd : FNR Electron Transfer Complexes: Evolutionary Refinement of Structural Interactions
著者: Hanke, G.T. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Hase, T.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-3, chloroplastic
B: Ferredoxin-3, chloroplastic
C: Ferredoxin-3, chloroplastic
D: Ferredoxin-3, chloroplastic
E: Ferredoxin-3, chloroplastic
F: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,22812
ポリマ－62,1736
非ポリマー1,0556
水2,432135
1
A: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
2
B: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
3
C: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
4
D: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5110 Å2
手法PISA
5
E: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5110 Å2
手法PISA
6
F: Ferredoxin-3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5382
ポリマ－10,3621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.900, 104.500, 66.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ferredoxin-3, chloroplastic / Ferredoxin III / Fd III


分子量: 10362.236 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: FDX3, PFD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27788
#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.6 M ammonium sulfate, 50 mM Tris-HCl, 1 % ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月18日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 95163 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Net I/σ(I): 24.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DPSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A70

1a70


解像度: 2.5→43.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2879453.76 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 972 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 19209 96.7 %-
溶媒の処理Bsol: 17.459 Å2 / ksol: 0.320722 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---2.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4350 0 24 135 4509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 167 5.4 %
Rwork0.256 2898 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramprotein.link
X-RAY DIFFRACTION3fesprotein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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