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- PDB-5h3v: Crystal structure of a Type IV Secretion System Component CagX in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h3v
タイトルCrystal structure of a Type IV Secretion System Component CagX in Helicobacter pylori
要素Cag8
キーワードPROTEIN BINDING / Helicobacter pylori / cytotoxin-associated gene pathogenicity island (cagPAI) / Type IV secretion system / CagX
機能・相同性Type IV secretion system CagX conjugation protein / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cag pathogenicity island protein (Cag8) / Cag8
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zhang, J. / Wu, Y. / Zhao, Y. / Sun, L. / Keegan, R.M. / Liu, Y. / Isupov, M.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the type IV secretion system component CagX from Helicobacter pylori
著者: Zhang, J. / Fan, F. / Zhao, Y. / Sun, L. / Liu, Y. / Keegan, R.M. / Isupov, M.N. / Wu, Y.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_reflns_twin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_reflns_twin.operator

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cag8
B: Cag8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8335
ポリマ－23,6072
非ポリマー2263
水2,342130
1
A: Cag8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9243
ポリマ－11,8041
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cag8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9102
ポリマ－11,8041
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.080, 61.620, 48.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cag8 / cag pathogenicity island protein cag8


分子量: 11803.538 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 396-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: cag8, wsv002 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6VRS3, UniProt: O25263*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 27% PEG4K, 10% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.509
11-h,-k,l20.491
反射解像度: 1.4→38.07 Å / Num. obs: 34978 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1587 / CC1/2: 0.803 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
MOLREPMORDA位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3jqo

3jqo


解像度: 1.4→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24887 1699 4.9 %RANDOM
Rwork0.20025 ---
obs0.20255 33259 90.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å20 Å2-0.32 Å2
2--14.02 Å20 Å2
3----10.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 15 130 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.9822603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4825253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33724.54588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08115348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9621510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6761.4876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4252.0911105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8821.5241017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.35125.8417606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.396→1.432 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 45 -
Rwork0.291 1283 -
obs--46.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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