Academia Sinica and Ministry of Science and Technology
104-0210-01-09-02
台湾
Ministry of Science and Technology
MOST 103-2311-B-001-026-MY3
台湾
引用
ジャーナル: To Be Published タイトル: Solution structure of Tilapia piscidin 4, an antimicrobial peptide effective against multidrug resistant Helicobacter pylori 著者: Wei, S. / Liao, Y. / Chen, C.
1.5 mM TP4, 20 mM sodium phosphate, 100 mM U-98% 2H dodecylphosphocholine, 90% H2O/10% D2O
1.5 mM TP4 with 100 mM dodecylphosphocholine-d38 in 20 mM sodium phosphate buffer at pH 3.5
TP4
90% H2O/10% D2O
micelle
2
1.5 mM TP4, 20 mM sodium phosphate, 100 mM U-98% 2H dodecylphosphocholine, 100% D2O
1.5 mM TP4 with 100 mM dodecylphosphocholine-d38 in 20 mM sodium phosphate buffer at pH 3.5
TP4
100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.5mM
TP4
naturalabundance
1
20mM
sodiumphosphate
naturalabundance
1
100mM
dodecylphosphocholine
U-98% 2H
1
1.5mM
TP4
naturalabundance
2
20mM
sodiumphosphate
naturalabundance
2
100mM
dodecylphosphocholine
U-98% 2H
2
試料状態
詳細: 1.5 mM TP4 with 100 mM dodecylphosphocholine-d38 in 20 mM sodium phosphate buffer at pH 3.5 イオン強度: 105 mM / Label: phosphate buffer / pH: 3.5 / 圧: ATMOSPHERIC atm / 温度: 318 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: with a triple (1H, 13C and 15N) resonance cryoprobe
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
Bruker TopSpin
3.1
Bruker
chemicalshiftassignment
Sparky
Goddard
データ解析
X-PLOR NIH
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
structurecalculation
X-PLOR NIH
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
精密化
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15