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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h2g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized DapF from Corynebacterium glutamicum | ||||||
要素 | Diaminopimelate epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structural basis for redox sensitivity in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate epimerase: an enzyme involved in l-lysine biosynthesis. 著者: Sagong, H.Y. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h2g.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h2g.ent.gz | 98.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5h2g_validation.pdf.gz | 456.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5h2g_full_validation.pdf.gz | 464.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5h2g_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5h2g_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30054.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: dapF, Cgl1943, cg2129 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NP73, diaminopimelate epimerase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Ammonium sulfate, Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→94.56 Å / Num. obs: 59911 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→94.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.135 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.62 Å2 / Biso mean: 36.193 Å2 / Biso min: 15.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→94.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
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