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- PDB-5h1x: Crystal Structure of rat Nup62 Coiled-coil motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1x
タイトルCrystal Structure of rat Nup62 Coiled-coil motif
要素Nuclear pore glycoprotein p62
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins ...Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole assembly / positive regulation of centriole replication / regulation of protein import into nucleus / positive regulation of mitotic cytokinetic process / annulate lamellae / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore central transport channel / positive regulation of protein localization to centrosome / negative regulation of Ras protein signal transduction / structural constituent of nuclear pore / Flemming body / mitotic centrosome separation / centrosome cycle / RNA export from nucleus / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of programmed cell death / PTB domain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / kinesin binding / mRNA transport / nuclear pore / Hsp70 protein binding / positive regulation of mitotic nuclear division / SH2 domain binding / regulation of mitotic spindle organization / ubiquitin binding / Hsp90 protein binding / phospholipid binding / spindle pole / protein import into nucleus / mitotic spindle / cellular senescence / nuclear envelope / signaling receptor complex adaptor activity / spermatogenesis / nuclear membrane / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore glycoprotein p62
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
Model details362-425 fragment
データ登録者Pravin, D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DST, DBT インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Nup62 Coiled-Coil Motif Provides Plasticity for Triple-Helix Bundle Formation
著者: Dewangan, P.S. / Sonawane, P.J. / Chouksey, A.R. / Chauhan, R.
履歴
登録2016年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear pore glycoprotein p62
B: Nuclear pore glycoprotein p62
C: Nuclear pore glycoprotein p62


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6093
ポリマ－18,6093
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.982, 97.563, 31.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear pore glycoprotein p62 / 62 kDa nucleoporin / Nucleoporin Nup62


分子量: 6203.017 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 362-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nup62 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: P17955
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris-HCl, 50mM Magnesium Chloride, 34% PEG 400
PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.408→48.782 Å / Num. all: 6669 / Num. obs: 6669 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.49 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.039 / Net I/av σ(I): 8.448 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 22313
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.41-2.543.20.1764.330349340.1140.2110.1765.998.6
2.54-2.693.50.1365.732579330.0860.1620.1367.899.9
2.69-2.883.50.17.630518830.0640.1190.110.299.9
2.88-3.113.40.07110.227078010.0460.0840.07113.399.6
3.11-3.413.20.0514.423677430.0330.0610.0518.599.7
3.41-3.813.30.03817.521906680.0250.0450.03825.799.6
3.81-4.43.50.0318.720775990.0190.0350.0333.299.5
4.4-5.393.30.0291916474960.0190.0350.02933.499.3
5.39-7.623.20.03218.112393900.0210.0380.03228.298.6
7.62-48.7823.40.02613.17442220.0170.0320.02638.598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T97

3t97


解像度: 2.41→27.825 Å / FOM work R set: 0.7039 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 662 9.99 %
Rwork0.2269 5965 -
obs0.2351 6627 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.21 Å2 / Biso mean: 54.65 Å2 / Biso min: 29.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→27.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 0 11 1239
Biso mean---53.41 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.121657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.675496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4102-2.59620.31541330.22921180131399
2.5962-2.85720.3361350.233812031338100
2.8572-3.27010.37761300.2621165129599
3.2701-4.11780.29141270.224612121339100
4.1178-27.82670.28361370.21331205134299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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