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- PDB-5h08: Human PTPRZ D1 domain complexed with NAZ2329 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h08
タイトルHuman PTPRZ D1 domain complexed with NAZ2329
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protein Tyrosine Phosphatase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perineuronal net / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / MDK and PTN in ALK signaling / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / regulation of myelination / Other interleukin signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation ...perineuronal net / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / MDK and PTN in ALK signaling / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / regulation of myelination / Other interleukin signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / axonogenesis / protein tyrosine phosphatase activity / central nervous system development / integrin binding / neuron projection development / negative regulation of neuron apoptotic process / learning or memory / synapse / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7WL / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Sugawara, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and development15im0110409b0104 日本
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Targeting PTPRZ inhibits stem cell-like properties and tumorigenicity in glioblastoma cells
著者: Fujikawa, A. / Sugawara, H. / Tanaka, T. / Matsumoto, M. / Kuboyama, K. / Suzuki, R. / Tanga, N. / Ogata, A. / Masumura, M. / Noda, M.
#1: ジャーナル: Scientific Reports / 年: 2016
タイトル: Small-molecule inhibition of PTPRZ suppresses tumor growth in a rat model of glioblastoma.
著者: Fujikawa, A. / Nagahira, A. / Sugawara, H. / Ishii, K. / Imajo, S. / Matsumoto, M. / Kuboyama, K. / Suzuki, R. / Tanga, N. / Noda, M. / Uchiyama, S. / Tomoo, T. / Ogata, A. / Masumura, M. / Noda, M.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4562
ポリマ－33,9541
非ポリマー5021
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.776, 72.306, 90.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THIS PROTEIN IS ACTIVE MONOMER, HOWEVER IT DIMERIZES BY

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta / R-PTP-zeta / Protein-tyrosine phosphatase receptor type Z polypeptide 1 / Protein-tyrosine ...R-PTP-zeta / Protein-tyrosine phosphatase receptor type Z polypeptide 1 / Protein-tyrosine phosphatase receptor type Z polypeptide 2 / R-PTP-zeta-2


分子量: 33954.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1698-1993 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRZ1, HTPZP2, PTPRZ, PTPRZ2, PTPZ / 発現宿主: Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: P23471, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-7WL / 3-{[2-Ethoxy-5-(trifluoromethyl)benzyl]sulfanyl}-N-(phenylsulfonyl)thiophene-2-carboxamide


分子量: 501.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18F3NO4S3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM 2 IN UNP P23471.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10%(w/v) PEG8000, 20%(v/v) ethylene glycol, 30mM sodium fluoride, 30mM sodium bromide, 30mM sodium iodide. NAZ2329 was soaked into the crystal.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→100 Å / Num. obs: 10798 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 30.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AWX

5awx


解像度: 2.53→45.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 25.429 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29689 536 5.1 %RANDOM
Rwork0.21029 ---
obs0.21476 9992 84.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.55 Å20 Å20 Å2
2--11.65 Å20 Å2
3---17.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 32 14 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.9443219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08334926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8775280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66723.793116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.40715384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9881514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7091.6111126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7091.6111125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2612.4151404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2612.4161405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5281.6241241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5291.6251242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9552.4271816
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.37718.4512679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.37618.4522680
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.526→2.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 17 -
Rwork0.293 373 -
obs--42.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.9262 Å / Origin y: 0.4235 Å / Origin z: 44.6027 Å
111213212223313233
T0.2331 Å20.0147 Å2-0.0195 Å2-0.039 Å2-0.0075 Å2--0.0354 Å2
L3.3654 °2-0.4957 °20.216 °2-3.2108 °20.8278 °2--2.2589 °2
S0.0244 Å °-0.0037 Å °-0.3331 Å °0.0552 Å °0.0697 Å °0.0245 Å °0.3861 Å °0.2686 Å °-0.0941 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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