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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h01 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of D-2-halacid dehalogenase mutant | ||||||
要素 | (R)-2-haloacid dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / dehalogenation / D-2-haloacid dehalogenase | ||||||
機能・相同性 | (R)-2-haloacid dehalogenase / (R)-2-haloacid dehalogenase activity / 2-haloacid dehalogenase, DehI / Halocarboxylic acid dehydrogenase DehI / AhpD-like / (R)-2-haloacid dehalogenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å | ||||||
データ登録者 | Xue, S. / Wang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of D-2-halacid dehalogenase mutant 著者: Xue, S. / Wang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h01.cif.gz | 243.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h01.ent.gz | 198 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h01 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3bjxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | ( 分子量: 35085.980 Da / 分子数: 4 / 変異: L288I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52086, (R)-2-haloacid dehalogenase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MES, PEG 20000, PEG 8000, potassium sodium tartrate tetrahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→48.591 Å / Num. obs: 75088 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.23 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BJX 解像度: 2.194→48.591 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.194→48.591 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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