PDB-5dnc: Crystal structure of the Asn-bound guinea pig L-asparaginase 1 ca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dnc

タイトル

Crystal structure of the Asn-bound guinea pig L-asparaginase 1 catalytic domain active site mutant T19A

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / asparaginase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate family amino acid metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Schalk, A.M. / Lavie, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	RO1 EB013685	米国
Department of Veterans Affairs Biomedical Laboratory Research and Development Service	Merit Review Award # I01BX001919	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Experimental Data in Support of a Direct Displacement Mechanism for Type I/II l-Asparaginases.
著者: Schalk, A.M. / Antansijevic, A. / Caffrey, M. / Lavie, A.

履歴

登録	2015年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dnc.cif.gz	303 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dnc.ent.gz	236.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dndC 5dneC 4r8lS 4r8k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dnd-d 5dne-d 4r8l-d 4r8k-2 4r8k-1 1lth-1 5h01-d 1hyg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

255 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

ヘテロ分子

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

ヘテロ分子

A: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

A: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
510 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	4_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_555	-x+1/2,-y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	7_555	-x+1/2,y+1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.190, 155.000, 157.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-749- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	1	LEU	LEU	B	B	8 - 360	31 - 383
1	2	PRO	PRO	A	A	8 - 361	31 - 384
2	2	PRO	PRO	C	C	8 - 361	31 - 384
1	3	LEU	LEU	A	A	8 - 360	31 - 383
2	3	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383
1	4	LEU	LEU	B	B	8 - 360	31 - 383
2	4	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
1	5	PRO	PRO	B	B	8 - 361	31 - 384
2	5	PRO	PRO	D	D	8 - 361	31 - 384
1	6	LEU	LEU	C	C	8 - 360	31 - 383
2	6	LEU	LEU	D	D	8 - 360	31 - 383

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

Tetramer by Gel filtration

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 63354.719 Da / 分子数: 4 / 変異: T19A / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first 23 residues are from the tag hexahistidine tag and TEV protease cleavage site. They were not removed during purification but are not seen in the structure. The C-terminus of the ...詳細: The first 23 residues are from the tag hexahistidine tag and TEV protease cleavage site. They were not removed during purification but are not seen in the structure. The C-terminus of the protein was cleaved in the drop and is not seen in the structure despite being present throughout the entirety of the purification. 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: ASPG / プラスミド: pET14b 詳細 (発現宿主): hexahistidine tag and TEV protease site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0W0T5
#2: 化合物	ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 12-15% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 97123 / Num. obs: 97123 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.06
反射シェル	解像度: 2→2.3 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r8l

4r8l

解像度: 2.01→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.724 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	4841	5 %	RANDOM
R_work	0.18719	-	-	-
obs	0.18842	92282	96.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.01→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10851	0	104	513	11468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	11193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	11113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.989	15181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	25546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.742	5	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.142	23.779	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.941	15	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.374	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.411	3.587	5691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.411	3.587	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.694	5.375	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.693	5.375	7103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.017	4.002	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.017	4.002	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.76	5.855	8079
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.701	28.906	12345
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.701	28.906	12346
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	22351	0.06
1	2	B	22351	0.06
2	1	A	22646	0.04
2	2	C	22646	0.04
3	1	A	22426	0.06
3	2	D	22426	0.06
4	1	B	22421	0.05
4	2	C	22421	0.05
5	1	B	22600	0.04
5	2	D	22600	0.04
6	1	C	22477	0.05
6	2	D	22477	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	237	-
R_work	0.333	4812	-
obs	-	-	68.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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