PDB-5gzy: The complex structure of D-2-haloacid dehalogenase with L-LA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gzy

タイトル

The complex structure of D-2-haloacid dehalogenase with L-LA

要素

(R)-2-haloacid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Dehalogenation / D-2-haloacid dehalogenase

機能・相同性

(R)-2-haloacid dehalogenase / (R)-2-haloacid dehalogenase activity / 2-haloacid dehalogenase, DehI / Halocarboxylic acid dehydrogenase DehI / AhpD-like / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / (R)-2-haloacid dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Wang, Y. / Xue, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The complex structure of D-2-haloacid dehalogenase with L-LA
著者: Wang, Y. / Xue, S.

履歴

登録	2016年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gzy.cif.gz	270.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gzy.ent.gz	217.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gzy_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gzy_full_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示
XML形式データ	5gzy_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	5gzy_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bjxS 5gzx 5h00 5h01 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h00-d 5h01-d 4ayj-d 4cjc-d 3js3-d 4cjb-d 2j41-d 5gzx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (R)-2-haloacid dehalogenase

B: (R)-2-haloacid dehalogenase

C: (R)-2-haloacid dehalogenase

D: (R)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.945, 95.136, 109.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	(R)-2-haloacid dehalogenase / D-2-haloacid dehalogenase / D-DEX 分子量: 34014.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52086, (R)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸分子量: 90.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MES, PEG 20000, PEG 8000, potassium sodium tartrate tetrahydrate, D-2-chloropropionate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47.57 Å / Num. obs: 76730 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 9.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	2000	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	data processing
Coot	0.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BJX

3bjx

解像度: 2.18→47.57 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1969	3847	5.01 %
R_work	0.1578	-	-
obs	0.1598	76721	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9304	0	24	1504	10832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9566
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	12992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.246	3500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1698

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1787-2.2063	0.2799	122	0.1849	2313	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2063-2.2353	0.239	122	0.1834	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.2659	0.2486	150	0.1756	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2659-2.2983	0.2439	142	0.1716	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2983-2.3326	0.2122	154	0.1698	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3326-2.369	0.18	144	0.1662	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.369-2.4079	0.2276	132	0.1673	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4079-2.4494	0.2132	142	0.1729	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4494-2.4939	0.2457	126	0.1845	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4939-2.5419	0.2235	147	0.1677	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5419-2.5938	0.2354	143	0.1684	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5938-2.6502	0.2305	144	0.1672	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6502-2.7118	0.2032	164	0.1607	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7118-2.7796	0.2034	133	0.164	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7796-2.8548	0.1965	136	0.1676	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8548-2.9388	0.2115	148	0.1631	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9388-3.0336	0.1971	152	0.1661	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0336-3.142	0.1971	148	0.1624	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.142-3.2678	0.1981	130	0.1596	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2678-3.4165	0.1865	133	0.1515	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4165-3.5965	0.1896	145	0.1438	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5965-3.8218	0.1664	151	0.1366	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8218-4.1167	0.1896	134	0.1482	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1167-4.5307	0.1552	169	0.1331	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5307-5.1856	0.163	149	0.1422	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1856-6.5307	0.1959	134	0.1677	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5307-47.5793	0.1655	153	0.1456	2761	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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