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Yorodumi- PDB-4m49: Lactate Dehydrogenase A in complex with a substituted pyrazine in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m49 | |||||||||
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Title | Lactate Dehydrogenase A in complex with a substituted pyrazine inhibitor compound 18 | |||||||||
Components | L-lactate dehydrogenase A chain | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dehydrogenase/reductase / nicotinamide adenine dinucleotide NADH / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase complex / lactate metabolic process / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion ...oxidoreductase complex / lactate metabolic process / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.052 Å | |||||||||
Authors | Eigenbrot, C. / Ultsch, M. | |||||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2013 Title: Identification of 2-amino-5-aryl-pyrazines as inhibitors of human lactate dehydrogenase. Authors: Fauber, B.P. / Dragovich, P.S. / Chen, J. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / Eigenbrot, C. / Giannetti, A.M. / Hunsaker, T. / Labadie, S. / Liu, Y. / Liu, Y. / Malek, S. / Peterson, D. / Pitts, K. ...Authors: Fauber, B.P. / Dragovich, P.S. / Chen, J. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / Eigenbrot, C. / Giannetti, A.M. / Hunsaker, T. / Labadie, S. / Liu, Y. / Liu, Y. / Malek, S. / Peterson, D. / Pitts, K. / Sideris, S. / Ultsch, M. / Vanderporten, E. / Wang, J. / Wei, B. / Yen, I. / Yue, Q. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4m49.cif.gz | 541.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4m49.ent.gz | 450.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4m49.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m49 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1i10S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 36603.473 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LDHA, PIG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 504 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAI / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-LAC / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: PEG3350, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. all: 90543 / Num. obs: 90472 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1I10 Resolution: 2.052→41.743 Å / SU ML: 0.16 Isotropic thermal model: individual atom isotropic thermal factors with TLS in 24 groups added for macromolecules σ(F): 1.33 / Phase error: 27.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.675 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.052→41.743 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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