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- PDB-5gzw: Crystal structure of AmpC BER adenylylated by acetyl-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gzw
タイトルCrystal structure of AmpC BER adenylylated by acetyl-AMP
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / Class C / AmpC
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.489 Å
データ登録者An, Y.J. / Cha, S.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
韓国
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic insights into the inhibition of class C beta-lactamases through the adenylylation of the nucleophilic serine.
著者: Kim, M.K. / An, Y.J. / Na, J.H. / Seol, J.H. / Ryu, J.Y. / Lee, J.W. / Kang, L.W. / Chung, K.M. / Lee, J.H. / Moon, J.H. / Lee, J.S. / Cha, S.S.
履歴
登録2016年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9035
ポリマ－81,1122
非ポリマー7913
水6,666370
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9032
ポリマ－40,5561
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9993
ポリマ－40,5561
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.480, 65.039, 177.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 40556.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7TUE6, UniProt: A0A076YIY5*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-tris pH 5.5, 25% polyethylene glycol 3500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.489→50 Å / Num. obs: 115016 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3B

1c3b


解像度: 1.489→44.678 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 5755 5 %
Rwork0.2107 --
obs0.2121 115015 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.489→44.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5450 0 49 370 5869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1677742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7282026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4891-1.5060.37282000.36393267X-RAY DIFFRACTION90
1.506-1.52370.41830.34673512X-RAY DIFFRACTION97
1.5237-1.54230.33531850.3393580X-RAY DIFFRACTION97
1.5423-1.56180.34181740.31923533X-RAY DIFFRACTION97
1.5618-1.58240.32681840.30593560X-RAY DIFFRACTION97
1.5824-1.6040.28081920.29533549X-RAY DIFFRACTION97
1.604-1.6270.35981780.29373624X-RAY DIFFRACTION97
1.627-1.65130.3022090.27213524X-RAY DIFFRACTION98
1.6513-1.67710.28741930.25933604X-RAY DIFFRACTION98
1.6771-1.70460.29462060.253595X-RAY DIFFRACTION98
1.7046-1.73390.26532020.24423599X-RAY DIFFRACTION98
1.7339-1.76550.25971960.23093611X-RAY DIFFRACTION98
1.7655-1.79940.251810.21883640X-RAY DIFFRACTION99
1.7994-1.83620.24321650.20823651X-RAY DIFFRACTION99
1.8362-1.87610.24771950.21263634X-RAY DIFFRACTION98
1.8761-1.91970.2641990.2133641X-RAY DIFFRACTION99
1.9197-1.96770.24781900.21393662X-RAY DIFFRACTION99
1.9677-2.02090.22851950.20593653X-RAY DIFFRACTION99
2.0209-2.08040.23871820.20423682X-RAY DIFFRACTION99
2.0804-2.14760.23271960.20533644X-RAY DIFFRACTION99
2.1476-2.22430.23521830.2043680X-RAY DIFFRACTION99
2.2243-2.31340.2531730.2023710X-RAY DIFFRACTION99
2.3134-2.41860.24581650.20963735X-RAY DIFFRACTION100
2.4186-2.54620.22551980.2113691X-RAY DIFFRACTION100
2.5462-2.70570.23842050.21663718X-RAY DIFFRACTION100
2.7057-2.91450.26242180.21733709X-RAY DIFFRACTION100
2.9145-3.20780.24182020.2153745X-RAY DIFFRACTION100
3.2078-3.67170.23811740.19913800X-RAY DIFFRACTION100
3.6717-4.62520.17852160.16153805X-RAY DIFFRACTION100
4.6252-44.69830.17372160.16913902X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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