PDB-5gzc: Crystal structure of Galectin-8 N-CRD with part of linker

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gzc

タイトル

Crystal structure of Galectin-8 N-CRD with part of linker

要素

Galectin-8

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-8 N-CRD structure

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Su, J.Y. / Si, Y.L.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Crystallization of Galectin-8 Linker Reveals Intricate Relationship between the N-terminal Tail and the Linker.
著者: Si, Y. / Wang, Y. / Gao, J. / Song, C. / Feng, S. / Zhou, Y. / Tai, G. / Su, J.

履歴

登録	2016年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gzc.cif.gz	85.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gzc.ent.gz	64.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gzdC 5gzeC 5gzfC 5gzgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d3d-2 1ddm-d 1zde-d 5d17-3 6dof-d 4mi8-2 5l7f-2 7btc-2 6v8s-11 5d17-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-8

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.557, 49.376, 76.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1 分子量: 17208.756 Da / 分子数: 1 断片: carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 7-158) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→41.515 Å / Num. obs: 65391 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 10.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.08→41.515 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1627	1998	3.06 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.1569	65276	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.51 Å² / B_iso mean: 13.4348 Å² / B_iso min: 4.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.08→41.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1207	0	15	283	1505
B_iso mean	-	-	12.52	22.79	-
残基数	-	-	-	-	152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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