PDB-5gyl: Structure of Cicer arietinum 11S gloubulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gyl

タイトル

Structure of Cicer arietinum 11S gloubulin

要素

legumin-like protein

キーワード

PLANT PROTEIN / 11S gloubulin / seeds

機能・相同性

Jelly Rolls / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Cicer arietinum (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhou, A. / Zhang, F.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystallization and crystallographic studies of a novel chickpea 11S globulin.
著者: Sun, L. / Zhou, A. / Zhang, F.

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / refine_hist Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gyl.cif.gz	454.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gyl.ent.gz	372.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gyl_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gyl_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	5gyl_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	5gyl_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fxzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2evx-1 3s7i-1 2e9q-1 1uij-1 2ea7-d 6v7j-d 1ipk-d 2cau-1 1cax-d 6v7g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: legumin-like protein

B: legumin-like protein

C: legumin-like protein

163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.370, 100.610, 131.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	legumin-like protein 分子量: 54245.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arietinum (マメ科) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 5% PEG 3350, 0.1M MES pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→79.65 Å / Num. obs: 63945 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
iMOSFLM		データ収集
Aimless		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FXZ

1fxz

解像度: 2.2→41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2245	3050	4.84 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.206	62994	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8987	0	0	78	9065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.689	12395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.166	5567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2344	0.5252	122	0.5136	2440	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2344-2.271	0.5099	122	0.497	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.271-2.3102	0.4537	144	0.4137	2622	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3102-2.3522	0.2984	150	0.2588	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3522-2.3974	0.3082	150	0.2425	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3974-2.4463	0.2832	141	0.2263	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4463-2.4995	0.2563	159	0.2296	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4995-2.5577	0.2794	160	0.2341	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5577-2.6216	0.2707	147	0.2268	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6216-2.6925	0.2554	146	0.226	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6925-2.7717	0.2307	151	0.2123	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8611	0.2337	136	0.2162	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8611-2.9634	0.2546	113	0.2175	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9634-3.082	0.2079	117	0.2102	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.082-3.2222	0.2239	131	0.2033	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2222-3.392	0.2252	101	0.1968	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.392-3.6044	0.2452	126	0.1964	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6044-3.8825	0.2042	146	0.1863	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8825-4.2728	0.1737	162	0.1528	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2728-4.8903	0.1446	170	0.1353	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8903-6.1579	0.1905	133	0.157	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1579-41.0128	0.1738	123	0.1825	2784	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.1026 Å / Origin y: 0.4818 Å / Origin z: -17.1013 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3034 Å²	0.0095 Å²	-0.0082 Å²	-	0.3032 Å²	0.0057 Å²	-	-	0.1633 Å²
L	0.6767 °²	-0.0275 °²	-0.02 °²	-	1.0802 °²	0.043 °²	-	-	0.4058 °²
S	0.0095 Å °	0.1855 Å °	-0.0001 Å °	-0.2949 Å °	0.0045 Å °	-0.0222 Å °	0.0054 Å °	0.0205 Å °	-0.0121 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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