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- PDB-5gwn: Crystal structure of human RCC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gwn
タイトルCrystal structure of human RCC2
要素Protein RCC2
キーワードPROTEIN BINDING / seven-bladed propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome passenger complex localization to kinetochore / chromosome, centromeric core domain / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / mitotic spindle midzone / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of GTPase activity / negative regulation of focal adhesion assembly / focal adhesion assembly ...chromosome passenger complex localization to kinetochore / chromosome, centromeric core domain / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / mitotic spindle midzone / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of GTPase activity / negative regulation of focal adhesion assembly / focal adhesion assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of cell migration / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / establishment of protein localization / RHO GTPases Activate Formins / small GTPase binding / Separation of Sister Chromatids / midbody / early endosome membrane / microtubule binding / microtubule / protein domain specific binding / cell division / protein kinase binding / nucleolus / RNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein RCC2 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.309 Å
データ登録者Liang, L. / Yun, C.H. / Yin, Y.X.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2018
タイトル: RCC2 is a novel p53 target in suppressing metastasis.
著者: Song, C. / Liang, L. / Jin, Y. / Li, Y. / Liu, Y. / Guo, L. / Wu, C. / Yun, C.H. / Yin, Y.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RCC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4376
ポリマ－47,9561
非ポリマー4805
水9,998555
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.447, 84.056, 60.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-967-

HOH

21A-1124-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein RCC2 / Regulator of chromosome condensation 2 / RCC1-like protein TD-60 / Telophase disk protein of 60 kDa


分子量: 47956.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 89-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCC2, KIAA1470, TD60
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9P258
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS 5.5, 0.2M (NH4)2SO4, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.309→40.676 Å / Num. obs: 109282 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.8 % / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.309→1.36 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A12

1a12


解像度: 1.309→40.676 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 5474 5.01 %
Rwork0.1712 --
obs0.1721 109281 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.309→40.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 25 555 3847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0844609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0831250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.25493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3092-1.32410.30231810.26283150X-RAY DIFFRACTION89
1.3241-1.33970.2911820.25423381X-RAY DIFFRACTION96
1.3397-1.3560.27321570.23993409X-RAY DIFFRACTION97
1.356-1.37320.24891730.22923438X-RAY DIFFRACTION97
1.3732-1.39130.2411530.22243419X-RAY DIFFRACTION97
1.3913-1.41030.24241900.21013432X-RAY DIFFRACTION97
1.4103-1.43050.22631650.20683393X-RAY DIFFRACTION97
1.4305-1.45180.22471770.19563447X-RAY DIFFRACTION97
1.4518-1.47450.2061930.20133426X-RAY DIFFRACTION97
1.4745-1.49870.21561950.18783437X-RAY DIFFRACTION98
1.4987-1.52450.18741810.19163428X-RAY DIFFRACTION98
1.5245-1.55230.22351960.17593409X-RAY DIFFRACTION98
1.5523-1.58210.1921930.17663457X-RAY DIFFRACTION98
1.5821-1.61440.19711720.17173456X-RAY DIFFRACTION98
1.6144-1.64950.20282050.17493454X-RAY DIFFRACTION98
1.6495-1.68790.17331530.17233496X-RAY DIFFRACTION99
1.6879-1.73010.19831690.17183459X-RAY DIFFRACTION99
1.7301-1.77690.19761780.17593479X-RAY DIFFRACTION99
1.7769-1.82920.18141950.17393486X-RAY DIFFRACTION99
1.8292-1.88820.19151470.17163526X-RAY DIFFRACTION99
1.8882-1.95570.18221930.16713498X-RAY DIFFRACTION99
1.9557-2.0340.17322020.16933485X-RAY DIFFRACTION99
2.034-2.12650.17011600.15983508X-RAY DIFFRACTION99
2.1265-2.23870.17011930.1643532X-RAY DIFFRACTION99
2.2387-2.37890.18571710.17063511X-RAY DIFFRACTION100
2.3789-2.56260.19681950.17743506X-RAY DIFFRACTION100
2.5626-2.82040.21391890.17743542X-RAY DIFFRACTION100
2.8204-3.22830.18942060.16973547X-RAY DIFFRACTION100
3.2283-4.06680.15381950.14613543X-RAY DIFFRACTION100
4.0668-40.69610.18742150.15983553X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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