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- PDB-4tz5: Ensemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Stre... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tz5 | |||||||||
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Title | Ensemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Streptomyces sp. SirexAA-E in complex with laminarihexaose | |||||||||
![]() | Putative secreted protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / exo-beta-1 / 3-glucanase / beta-1 / GH55 / laminaritetraose / secreted / biomass degradation | |||||||||
Function / homology | glucan 1,3-beta-glucosidase / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / Pectin lyase fold / extracellular region / Exo-beta-1,3-glucanase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Active site and laminarin binding in glycoside hydrolase family 55. Authors: Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Deutsch, S. / Udell, H.S. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 17.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 14.5 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 19.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 20 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pewSC ![]() 4pexC ![]() 4peyC ![]() 4pezC ![]() 4pf0C ![]() 4tyvC ![]() 4tz1C ![]() 4tz3C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Number of models | 25 |
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Components
#1: Protein | Mass: 58884.359 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 57-605 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (20% PEG 3350, 200mM NaC2H302, and 100mM BTP pH 6.0). Cryoprotected with ...Details: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (20% PEG 3350, 200mM NaC2H302, and 100mM BTP pH 6.0). Cryoprotected with 20% PEG 3350, 200mM NaC2H302, 25mM laminaritetraose, 100mM BTP pH 6.0 and 15% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2013 / Details: mirrors and beryllium lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4 % / Number: 538788 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.88 / D res high: 1.64 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 136258 / % possible obs: 99.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.64→50 Å / Num. obs: 136258 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.877 / Net I/av σ(I): 12.254 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 538788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4PEW Resolution: 1.75→30.298 Å / SU ML: 0.06 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso min: 99999 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→30.298 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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