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万見
- PDB-5gsy: Kinesin-8 motor, KIF19A, in the nucleotide-free state complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gsy
タイトルKinesin-8 motor, KIF19A, in the nucleotide-free state complexed with GDP-taxol microtubule
要素Kinesin-like protein KIF19
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin-8 / KIF19A / GDP-taxol-microtubule / Plus-end directed motor / Microtubule depolymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule depolymerization / plus-end specific microtubule depolymerization / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / axoneme / cilium / microtubule binding ...axonemal microtubule depolymerization / plus-end specific microtubule depolymerization / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / axoneme / cilium / microtubule binding / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF19
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Morikawa, M. / Nitta, R. / Yajima, H. / Shigematsu, H. / Kikkawa, M. / Hirokawa, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
MEXT23000013 日本
MEXT15K08168 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Motility and microtubule depolymerization mechanisms of the Kinesin-8 motor, KIF19A.
著者: Doudou Wang / Ryo Nitta / Manatsu Morikawa / Hiroaki Yajima / Shigeyuki Inoue / Hideki Shigematsu / Masahide Kikkawa / Nobutaka Hirokawa /
要旨: The kinesin-8 motor, KIF19A, accumulates at cilia tips and controls cilium length. Defective KIF19A leads to hydrocephalus and female infertility because of abnormally elongated cilia. Uniquely among ...The kinesin-8 motor, KIF19A, accumulates at cilia tips and controls cilium length. Defective KIF19A leads to hydrocephalus and female infertility because of abnormally elongated cilia. Uniquely among kinesins, KIF19A possesses the dual functions of motility along ciliary microtubules and depolymerization of microtubules. To elucidate the molecular mechanisms of these functions we solved the crystal structure of its motor domain and determined its cryo-electron microscopy structure complexed with a microtubule. The features of KIF19A that enable its dual function are clustered on its microtubule-binding side. Unexpectedly, a destabilized switch II coordinates with a destabilized L8 to enable KIF19A to adjust to both straight and curved microtubule protofilaments. The basic clusters of L2 and L12 tether the microtubule. The long L2 with a characteristic acidic-hydrophobic-basic sequence effectively stabilizes the curved conformation of microtubule ends. Hence, KIF19A utilizes multiple strategies to accomplish the dual functions of motility and microtubule depolymerization by ATP hydrolysis.
履歴
登録2016年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9538
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9538
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9538
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Kinesin-like protein KIF19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6361
ポリマ－40,6361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16910 Å2

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF19


分子量: 40636.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif19, Kif19a / プラスミド: pET21b
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99PT9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: KIF19A motor domain complexed with GDP-taxol-MT / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
プラスミド: pET21b
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -25.71762 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.727751 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 471380 / 詳細: High-resolution noise substitution was performed. / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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