PDB-5grq: Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5grq

タイトル

Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide

要素

Death domain-associated protein 6
Transcriptional regulator ATRX

キーワード

HYDROLASE / helical bundle protein

機能・相同性

機能・相同性情報

post-embryonic forelimb morphogenesis / cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / chromosome, subtelomeric region ...post-embryonic forelimb morphogenesis / cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / chromosome, subtelomeric region / cellular response to sodium arsenite / Sertoli cell development / meiotic spindle organization / cellular response to hydroxyurea / DNA translocase activity / chromo shadow domain binding / positive regulation of telomere maintenance / condensed chromosome, centromeric region / transcription regulator inhibitor activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / protein localization to chromosome, telomeric region / nuclear androgen receptor binding / nuclear chromosome / seminiferous tubule development / replication fork processing / protein kinase activator activity / androgen receptor signaling pathway / regulation of protein ubiquitination / chromosome, centromeric region / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to unfolded protein / heterochromatin / pericentric heterochromatin / JNK cascade / forebrain development / cellular response to copper ion / Inhibition of DNA recombination at telomere / heat shock protein binding / methylated histone binding / cellular response to cadmium ion / helicase activity / SUMOylation of transcription cofactors / molecular condensate scaffold activity / multicellular organism growth / chromatin DNA binding / PML body / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / chromatin organization / cellular response to heat / histone binding / spermatogenesis / regulation of gene expression / regulation of apoptotic process / DNA helicase / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / nuclear body / chromatin remodeling / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.584 Å

データ登録者

Li, H.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide
著者: Li, H.

履歴

登録	2016年8月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年10月18日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / citation_author / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.label_entity_id / _struct_ref_seq.db_align_end ..._atom_site.label_entity_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5grq.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5grq.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5grq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5grq_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5grq_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	5grq_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5grq_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/5grq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/5grq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4lp4-1 4lp4-2 4uzg-d 6tqd-2 2vj5-1 3zcj-1 4of5-1 6bbt-1 1vca-2 4ofv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Death domain-associated protein 6

B: Death domain-associated protein 6

C: Transcriptional regulator ATRX

D: Transcriptional regulator ATRX

ヘテロ分子

29.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.428, 56.217, 102.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Death domain-associated protein 6 / Daxx / hDaxx / ETS1-associated protein 1 / EAP1 / Fas death domain-associated protein 分子量: 10537.360 Da / 分子数: 2 / 断片: DHB domain, UNP residues 55-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAXX, BING2, DAP6 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UER7
#2: タンパク質・ペプチド	Transcriptional regulator ATRX / ATP-dependent helicase ATRX / X-linked helicase II / X-linked nuclear protein / XNP / Znf-HX 分子量: 3420.712 Da / 分子数: 2 / 断片: DID domain, UNP residues 1256-1285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATRX, RAD54L, XH2 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46100, DNA helicase

#1: タンパク質

Death domain-associated protein 6 / Daxx / hDaxx / ETS1-associated protein 1 / EAP1 / Fas death domain-associated protein

分子量: 10537.360 Da / 分子数: 2 / 断片: DHB domain, UNP residues 55-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAXX, BING2, DAP6 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UER7

#2: タンパク質・ペプチド

Transcriptional regulator ATRX / ATP-dependent helicase ATRX / X-linked helicase II / X-linked nuclear protein / XNP / Znf-HX

分子量: 3420.712 Da / 分子数: 2 / 断片: DID domain, UNP residues 1256-1285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATRX, RAD54L, XH2 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46100, DNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 % / Mosaicity: 0.311 ° Preparation: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM MES 6.0, 100mM zinc acetate, 13% ethanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年9月5日 / 詳細: PSI PILATUS 6M

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97776 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 80904 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/av σ(I): 32.714 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.58-1.61	10.4	0.515	0.926	1	90.5
1.61-1.64	12.8	0.489	0.959	1	100
1.64-1.67	13.2	0.434	0.973	1	99.9
1.67-1.7	13.1	0.382	0.973	1	100
1.7-1.74	13.2	0.362	0.976	1	99.9
1.74-1.78	12.7	0.3	0.978	1	100
1.78-1.82	11.9	0.259	0.98	1	99.9
1.82-1.87	13.2	0.228	0.987	1	100
1.87-1.93	13.3	0.276	0.966	1	100
1.93-1.99	13.4	0.167	0.992	1	100
1.99-2.06	13.1	0.138	0.993	1	100
2.06-2.14	12.5	0.138	0.988	1	99.9
2.14-2.24	12.3	0.093	0.995	1	100
2.24-2.36	13.4	0.106	0.989	1	100
2.36-2.51	13.4	0.068	0.998	1	100
2.51-2.7	13.1	0.064	0.998	1	100
2.7-2.97	12.5	0.051	0.998	1	100
2.97-3.4	13.5	0.045	0.999	1	100
3.4-4.29	12.3	0.043	0.998	1	99.9
4.29-50	12.4	0.04	0.998	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2689: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.584→49.336 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 16.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1789	3970	4.91 %
R_work	0.1575	-	-
obs	0.1585	80895	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.584→49.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	41	408	2331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	2585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.675	1205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5836-1.6029	0.174	96	0.17	2517	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6029-1.6232	0.1675	122	0.1652	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6232-1.6446	0.1668	153	0.1562	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6446-1.6671	0.2047	123	0.1622	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6671-1.6909	0.181	166	0.157	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6909-1.7162	0.1607	153	0.1581	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7162-1.743	0.1653	106	0.1677	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.743-1.7715	0.1918	162	0.1608	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7715-1.8021	0.1965	99	0.1623	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8021-1.8349	0.1634	152	0.1595	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8349-1.8702	0.1976	151	0.1642	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8702-1.9083	0.2658	167	0.1902	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9083-1.9498	0.3257	135	0.2574	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9498-1.9952	0.2178	127	0.1632	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9952-2.0451	0.1665	180	0.1444	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0451-2.1004	0.2512	163	0.2118	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1004-2.1622	0.1793	122	0.1525	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1622-2.232	0.162	147	0.1481	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.3117	0.1817	133	0.1847	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3117-2.4043	0.141	157	0.1431	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4043-2.5137	0.1753	143	0.1453	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5137-2.6462	0.1699	129	0.1507	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6462-2.812	0.1849	130	0.1494	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.812-3.0291	0.1463	166	0.1457	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0291-3.3339	0.1688	156	0.137	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3339-3.8162	0.1577	158	0.134	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8162-4.8073	0.1546	126	0.1348	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8073-49.3604	0.1826	148	0.173	2744	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6309	1.7123	-1.9247	2.9094	-0.0611	3.7869	-0.144	-0.0087	-0.0735	0.2364	-0.0731	0.2132	0.2167	-0.221	0.2204	0.137	-0.0015	0.0241	0.1169	-0.0212	0.1158	58.8071	-21.4262	72.3748
2	1.2986	0.0789	-2.8122	0.3718	-0.3622	6.1188	-0.0738	-0.0719	-0.1263	-0.044	-0.0599	-0.0978	0.0252	0.2035	0.1637	0.0929	0.0026	0.0038	0.1356	0.0163	0.1285	69.9931	-18.0342	57.724
3	0.9991	0.2694	-0.8323	0.4998	-0.5143	1.0792	-0.0305	0.0531	-0.0248	-0.014	0.0182	-0.0535	0.0129	0.0078	0.0102	0.0979	-0.0018	-0.0077	0.1034	0.0022	0.0936	63.4865	-15.2987	55.7048
4	1.6855	-1.0202	-1.5846	1.4453	0.973	3.1285	-0.0457	0.1959	-0.0347	-0.1512	0.0373	-0.0663	0.0415	-0.2034	-0.0932	0.1002	-0.0289	0.0112	0.1147	-0.0098	0.1071	59.5753	-16.1613	50.103
5	3.409	2.8807	-4.5856	4.4374	-4.7187	6.5506	0.3605	0.2052	0.6509	0.1379	0.2788	-0.3949	-0.9331	0.4735	-0.2301	0.3947	-0.054	0.0835	0.2287	-0.0303	0.3252	60.3101	1.0262	57.8806
6	0.6724	0.2866	0.5707	1.078	1.7313	3.9494	0.0125	0.0121	0.0298	-0.0591	-0.0427	0.0084	-0.0747	-0.0593	0.0534	0.1119	-0.0026	-0.002	0.0793	0.0025	0.1064	54.2665	-2.6664	81.9511
7	0.9234	0.1513	-0.0532	1.5149	1.2831	2.4894	-0.0556	0.1309	0.0183	-0.0253	0.09	-0.0643	0.0177	0.1676	-0.0028	0.1195	-0.0122	-0.0315	0.134	0.0051	0.133	64.2813	-4.5168	91.8141
8	4.4841	-0.9636	-0.6814	5.0804	-0.3061	3.1466	-0.0661	-0.134	0.0738	-0.0219	0.0461	-0.1301	0.0232	0.2273	0.0026	0.1085	-0.0046	0.0107	0.088	-0.008	0.0675	60.2978	-13.2629	77.4685
9	0.3747	-0.3572	0.0835	1.2429	0.1228	1.8834	0.0115	-0.0027	-0.0692	0.084	-0.038	0.0662	0.108	-0.0246	0.0311	0.1104	-0.0162	0.0138	0.087	0.0044	0.1187	52.6212	-10.2448	90.0452
10	3.7939	0.1816	-2.4875	2.2713	-1.7107	6.2496	-0.1146	0.3684	-0.1177	-0.113	-0.1039	0.1224	0.5487	-0.6674	0.2364	0.237	-0.0314	0.0177	0.252	-0.0393	0.187	68.0037	-18.5716	31.7812
11	1.7035	0.2726	0.0412	5.5897	2.2158	3.2713	0.0328	0.269	0.0505	-0.255	-0.0903	0.3586	-0.2136	-0.5066	0.0109	0.1347	-0.0004	-0.0029	0.216	0.0227	0.1456	60.0497	-9.5307	42.0902
12	2.1965	-1.1675	0.3199	5.3177	-1.0719	1.0269	-0.2565	-0.3081	0.487	0.5435	0.0516	-0.1337	-0.2188	-0.0791	0.1892	0.5476	0.1139	0.0689	0.6913	0.0807	0.4139	52.1873	-4.6714	109.1359
13	5.5332	0.5487	-0.9706	2.4888	-0.1552	2.1512	0.0381	-0.3057	-0.442	0.2618	-0.0966	-0.1074	0.1741	0.3249	0.0424	0.1913	0.0032	-0.0337	0.1749	0.0596	0.1553	62.4122	-12.2912	101.1426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 55 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 77 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 78 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1256 through 1266 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1267 through 1285 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1259 through 1266 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1267 through 1284 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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