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- PDB-5grm: Crystal structure of rat STING in complex with cyclic GMP-AMP wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grm
タイトルCrystal structure of rat STING in complex with cyclic GMP-AMP with 2'5'and 3'5'phosphodiester linkage(2'3'-cGAMP)
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Rat STING / 2'3'-cGAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / STING complex / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway ...STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / STING complex / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein serine/threonine kinase activator activity / molecular function activator activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of rat STING in complex with cyclic GMP-AMP with 2'5'and 3'5'phosphodiester linkage(2'3'-cGAMP)
著者: Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
#1: ジャーナル: Sci Rep. / 年: 2015
タイトル: Rat and human STINGs profile similarly towards anticancer/antiviral compounds
著者: Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5463
ポリマ－47,8722
非ポリマー6741
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.200, 77.200, 152.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / rSTING / Transmembrane protein 173


分子量: 23935.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tmem173, Sting / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1M391
#2: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 67310 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.14 % / Net I/σ(I): 20.12
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 7.14 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 6032 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOJ

4loj


解像度: 1.55→42.378 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 3407 5.06 %
Rwork0.1809 --
obs0.1815 67309 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 45 406 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0353133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3274242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2921172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.187452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.57220.23251330.23632631X-RAY DIFFRACTION100
1.5722-1.59560.2291160.2222641X-RAY DIFFRACTION100
1.5956-1.62060.23531410.21372614X-RAY DIFFRACTION100
1.6206-1.64710.22031180.21672657X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.67550.20831350.21732645X-RAY DIFFRACTION100
1.6755-1.7060.23561420.21672636X-RAY DIFFRACTION100
1.706-1.73880.24631380.20592609X-RAY DIFFRACTION100
1.7388-1.77430.21311450.20232625X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.81290.20391330.2052650X-RAY DIFFRACTION100
1.8129-1.85510.23741500.19762647X-RAY DIFFRACTION100
1.8551-1.90150.20061460.18712633X-RAY DIFFRACTION100
1.9015-1.95290.22771390.19152633X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-2.01030.19611370.19292635X-RAY DIFFRACTION100
2.0103-2.07520.20691530.18662647X-RAY DIFFRACTION100
2.0752-2.14940.19081560.18122651X-RAY DIFFRACTION100
2.1494-2.23540.20381430.18222644X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.33720.21861540.17752659X-RAY DIFFRACTION100
2.3372-2.46040.17691500.18842656X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.61450.20121400.1862693X-RAY DIFFRACTION100
2.6145-2.81630.21621340.18452678X-RAY DIFFRACTION100
2.8163-3.09970.19231530.18922704X-RAY DIFFRACTION100
3.0997-3.5480.1571390.16442711X-RAY DIFFRACTION99
3.548-4.46940.16381550.14632725X-RAY DIFFRACTION99
4.4694-42.3940.16941570.16452878X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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