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- PDB-5grj: Crystal structure of human PD-L1 with monoclonal antibody avelumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grj
タイトルCrystal structure of human PD-L1 with monoclonal antibody avelumab
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • avelumab H chain
  • avelumab L chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L1 / avelumab / monoclonal antibody / tumor immunothepapy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.206 Å
データ登録者Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W.-H. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. ...Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W.-H. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. / Gao, S. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the Ministry of Science and Technology of China2013CB531502, 2014CB542503 中国
Grand S&T project of China Health and Family Planning Commission013ZX10004608-002, 2016ZX10004201-009 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of anti-PD-L1 monoclonal antibody avelumab for tumor therapy.
著者: Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. / Gao, S. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: avelumab H chain
L: avelumab L chain
A: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8283
ポリマ－49,8283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.870, 98.151, 62.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 avelumab H chain


分子量: 13047.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 avelumab L chain


分子量: 11484.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / human PD-L1


分子量: 25295.676 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 18-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES-Na, 30%(v/v) iso-Propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 11319 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BIK and 4NKI

3bik

4nki


解像度: 3.206→42.173 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 498 5.11 %
Rwork0.2035 --
obs0.2053 9745 85.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.206→42.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3398 0 0 0 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2784714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8121260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2062-3.52870.2951750.25731542X-RAY DIFFRACTION57
3.5287-4.03890.2641270.24292303X-RAY DIFFRACTION86
4.0389-5.08730.2311560.18292674X-RAY DIFFRACTION99
5.0873-42.17670.21791400.18822728X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1473-2.64061.56115.04892.10872.10750.0347-1.38631.28011.2381-0.0662-0.13360.34690.2068-0.350.6732-0.09360.08741.0668-0.35630.570424.8552-63.838736.9333
21.92341.81330.88522.1360.48480.6978-0.48860.0621.2633-0.42370.3339-0.44080.14140.4643-0.05390.88420.38930.31140.66880.14571.72629.1713-48.187219.5086
35.5422-0.5125-0.75593.23251.09952.79590.6823-0.64352.0960.6849-0.3937-0.7472-1.03430.40290.14430.4559-0.02550.16290.7367-0.38151.488331.3097-59.536228.7253
41.9331-0.77521.97183.3265-4.48156.52060.4759-0.6240.76381.225-0.58430.39130.0674-0.1379-0.20470.5088-0.13760.00240.8148-0.15740.237328.9008-75.551434.0292
54.8457-1.76465.06412.6391-3.17319.23940.1036-1.53412.21410.1110.01770.5913-0.678-1.2160.04980.41760.06290.09380.6282-0.05820.990419.3285-61.769522.2881
65.10250.6098-6.29033.45240.57228.27090.24030.45771.1588-0.59520.48131.2813-0.206-0.6408-0.28420.4719-0.1196-0.20.35360.08370.493222.797-67.308219.6888
74.8636-1.0422-2.88812.49320.57682.4609-0.1862-0.06211.3656-0.85330.41230.07020.3413-0.6757-0.23620.3778-0.0903-0.01880.39360.12820.411830.06-71.432517.9397
84.82452.2458-2.95258.6816-0.2322.99390.4298-0.0232.2784-0.32010.18540.1359-0.09230.089-0.43210.28540.0210.11690.5586-0.10290.835233.6243-64.417723.8958
91.88720.9865-3.63968.7991-2.64527.08780.811.07520.9871-0.60690.68691.3486-0.3491-1.7905-0.62710.86720.3416-0.10710.85730.25041.019624.6022-54.205814.0083
105.1406-4.30724.8436.5789-0.54678.69910.211-0.6591-0.0120.99960.43490.3459-0.4844-1.6157-0.81670.34320.2865-0.04660.82780.00160.414221.8623-63.748327.4216
110.65430.1146-2.42083.5195-0.19679.3633-0.4137-0.9269-0.05381.11410.55270.2612-0.102-0.29140.20930.6251-0.22760.14651.20190.0362-0.014820.0888-77.039527.8864
125.65880.7337-0.72671.33552.00863.6630.97250.46390.25330.7909-0.36210.4161-0.3296-0.4365-0.65120.49960.08430.11810.88230.0291.172821.1531-58.88128.2495
133.5417-1.1863-1.65483.49721.36851.74721.2589-0.14261.0433-0.1289-0.24150.905-0.5833-1.2483-0.33010.30790.22020.17971.4650.31011.1941-1.3979-65.445624.4379
141.3495-0.8265-0.60893.36081.42452.2281-0.0540.67690.3218-0.5016-0.21121.0917-0.5606-0.5975-0.16890.4143-0.0402-0.14110.97640.28010.70696.4683-76.370617.7326
157.52475.24814.21855.71141.54226.27780.6054-1.38642.3596-0.0441-0.21090.2221-1.0139-0.5183-0.26090.4687-0.10310.20710.9302-0.30120.951410.1676-67.303330.7795
164.3633-2.7833-2.58053.6895-0.594.2037-0.2878-1.59140.70060.69760.83290.79640.73430.48110.39380.5739-0.41450.30021.1705-0.10810.58036.767-77.746834.1375
177.7875-1.6084-4.5634.4445-0.67134.78260.4745-0.63790.79280.41520.02780.0654-0.3943-1.1723-0.22380.3995-0.03760.03991.4594-0.02610.43010.2147-71.383929.0617
186.19590.0561-2.7444.7285-1.97246.24410.5986-0.38431.7673-0.2073-0.00070.43370.051-1.5579-0.28850.2029-0.0912-0.03171.0111-0.05460.826210.3947-70.066522.2977
197.23430.7672-3.47324.1824-1.00581.7651-0.2508-0.0374-0.3964-0.7961-0.1482-0.838-0.083-1.0141-0.1660.61580-0.17540.40160.15260.275917.0604-73.75416.8143
200.05050.07480.16150.10120.23330.5139-0.35150.58060.57980.2129-0.6823-0.5709-0.2241-0.19060.43140.6862-0.01280.27670.76610.31571.34421.7772-61.375625.8295
214.08012.52680.64531.53860.42570.11610.2143-0.0166-1.1416-0.26670.18290.2680.3909-0.0907-0.11790.6244-0.2127-0.05120.40320.04870.787828.0754-94.980712.6471
229.35622.78720.69922.84624.42969.211-0.0410.1873-0.8760.36550.809-0.89170.17450.84060.05360.3489-0.1148-0.16630.290.07461.085646.2881-87.988520.0038
231.5797-0.33312.42872.18960.27754.0590.019-1.542-1.5630.1487-0.3258-0.08650.6905-1.0101-1.20970.5335-0.3016-0.03930.70170.55710.752428.1704-88.984226.6076
241.5793-0.20581.27360.7405-0.10653.10190.3648-0.6921-1.12930.54850.1552-0.62540.5072-0.78910.14050.5486-0.4413-0.12690.34970.21570.782428.8493-92.195618.9372
257.92798.06750.49518.40480.68590.16990.2780.14450.329-0.78340.05340.12160.1562-0.17080.22320.5253-0.2099-0.09840.3119-0.0890.245525.4964-88.189412.0712
266.70684.82011.09754.66890.07381.44050.1854-0.32220.16370.0711-0.3263-0.0703-0.17430.34020.09050.3121-0.10490.04070.3948-0.00710.2476-4.5721-112.949513.3682
277.09920.91270.50774.8735-1.41771.13050.19-0.03010.92990.2724-0.2360.4678-0.5898-0.1427-0.05370.4469-0.16320.07670.4037-0.04630.4445-4.7834-108.366411.1371
283.7550.38150.16054.16251.19432.2767-0.13130.6376-0.3498-0.1782-0.03580.7739-0.1230.3186-0.21150.6681-0.1268-0.2290.4347-0.1460.2567-3.3558-118.15547.6601
293.69435.0868-3.91627.8949-5.07846.0888-0.01340.5232-0.76810.2322-0.5828-0.9839-0.31680.68340.06740.422-0.24480.02760.658-0.04540.5058-0.8991-116.433311.8878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 8 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 17 through 25 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 26 through 33 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 34 through 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 45 through 51 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 52 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 65 through 84 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 85 through 92 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 93 through 98 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 99 through 108 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 109 through 118 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 2 through 17 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 18 through 34 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 35 through 50 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 51 through 63 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 64 through 86 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 87 through 94 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 95 through 101 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 102 through 109 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 18 through 41 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 42 through 53 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 54 through 90 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 91 through 119 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 120 through 131 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 132 through 169 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 170 through 200 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'A' and (resid 201 through 213 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'A' and (resid 214 through 233 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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