[日本語] English
万見
- PDB-5gq1: Crystal structure of 2C helicase from enterovirus 71 (EV71) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gq1
タイトルCrystal structure of 2C helicase from enterovirus 71 (EV71)
要素Genome polyprotein
キーワードHYDROLASE / Enterovirus 2C / virus replication / Zinc finger / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Guan, H.X. / Tian, J. / Qin, B. / Wojdyla, J. / Wang, M.T. / Cui, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81572005 中国
引用ジャーナル: SCI ADV / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of 2C helicase from enterovirus 71
著者: Guan, H.X. / Tian, J. / Qin, B. / Wojdyla, J. / Wang, B. / Zhao, Z.D. / Wang, M.T. / Cui, S.
履歴
登録2016年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Genome polyprotein
E: Genome polyprotein
F: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,83314
ポリマ－141,2516
非ポリマー5828
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area57240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.109, 159.654, 75.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Genome polyprotein


分子量: 23541.812 Da / 分子数: 6 / 変異: E207A, K209A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9VUU3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG6000, 5% MPD and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.6 Å / Num. obs: 84048 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 70.008 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.32
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.07 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.493→43.635 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 4219 5.03 %Random
Rwork0.2287 ---
obs0.2317 83915 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.493→43.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8923 0 16 35 8974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15612200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8585573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4934-2.52170.39211080.38172065X-RAY DIFFRACTION76
2.5217-2.55140.37451670.35272622X-RAY DIFFRACTION100
2.5514-2.58250.40841310.33532702X-RAY DIFFRACTION100
2.5825-2.61520.37041460.30932738X-RAY DIFFRACTION100
2.6152-2.64960.3931450.31432575X-RAY DIFFRACTION100
2.6496-2.68590.33971570.30342734X-RAY DIFFRACTION100
2.6859-2.72420.36041280.29942682X-RAY DIFFRACTION100
2.7242-2.76490.34551360.2882705X-RAY DIFFRACTION100
2.7649-2.80810.40131460.27642668X-RAY DIFFRACTION100
2.8081-2.85410.38321160.26612723X-RAY DIFFRACTION100
2.8541-2.90330.27411440.25992721X-RAY DIFFRACTION100
2.9033-2.95610.34631250.26282614X-RAY DIFFRACTION100
2.9561-3.0130.34461490.26592713X-RAY DIFFRACTION100
3.013-3.07440.3411350.26832743X-RAY DIFFRACTION100
3.0744-3.14130.3281460.26522635X-RAY DIFFRACTION99
3.1413-3.21430.35821520.25872686X-RAY DIFFRACTION100
3.2143-3.29470.30941420.25262709X-RAY DIFFRACTION100
3.2947-3.38370.3151040.26492665X-RAY DIFFRACTION100
3.3837-3.48330.36441350.27072742X-RAY DIFFRACTION100
3.4833-3.59560.3131590.25462608X-RAY DIFFRACTION99
3.5956-3.72410.33081810.24262653X-RAY DIFFRACTION99
3.7241-3.87310.27661370.21812645X-RAY DIFFRACTION100
3.8731-4.04930.25781360.21272688X-RAY DIFFRACTION99
4.0493-4.26260.22011380.19822680X-RAY DIFFRACTION99
4.2626-4.52940.21411420.17962655X-RAY DIFFRACTION99
4.5294-4.87870.22721350.18332684X-RAY DIFFRACTION99
4.8787-5.36880.25721470.1982660X-RAY DIFFRACTION99
5.3688-6.14390.27721470.22132673X-RAY DIFFRACTION99
6.1439-7.73360.25791340.21652647X-RAY DIFFRACTION99
7.7336-43.64160.26451510.19852661X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る