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- PDB-5gpg: Co-crystal structure of the FK506 binding domain of human FKBP25,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpg
タイトルCo-crystal structure of the FK506 binding domain of human FKBP25, Rapamycin and the FRB domain of human mTOR
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3
  • Serine/threonine-protein kinase mTOR
キーワードISOMERASE/TRANSFERASE / complex / kinase / ISOMERASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / voluntary musculoskeletal movement / regulation of osteoclast differentiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of lysosome organization / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / cellular response to nutrient / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / energy reserve metabolic process / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / negative regulation of cell size / cellular response to methionine / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / inositol hexakisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of macroautophagy / Macroautophagy / regulation of cell size / FK506 binding / positive regulation of myotube differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / oligodendrocyte differentiation / germ cell development / behavioral response to pain / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / response to amino acid / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / neuronal action potential / positive regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / T cell costimulation / cytoskeleton organization / endomembrane system / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of glycolytic process / cellular response to starvation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription / post-embryonic development / positive regulation of translation / VEGFR2 mediated vascular permeability / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / peptidylprolyl isomerase / regulation of actin cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / non-specific protein-tyrosine kinase / regulation of cell growth / macroautophagy / response to nutrient levels / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / PML body / multicellular organism growth
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3 / FKBP3, basic tilted helix bundle domain / Basic tilted helix bundle domain / FKBP12-rapamycin binding domain / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily ...Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3 / FKBP3, basic tilted helix bundle domain / Basic tilted helix bundle domain / FKBP12-rapamycin binding domain / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / Chitinase A; domain 3 - #40 / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Chitinase A; domain 3 / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / Serine/threonine-protein kinase mTOR / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Lee, H.B. / Lee, S.Y. / Rhee, H.W. / Lee, C.W.
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2016
タイトル: Proximity-Directed Labeling Reveals a New Rapamycin-Induced Heterodimer of FKBP25 and FRB in Live Cells
著者: Lee, S.Y. / Lee, H. / Lee, H.K. / Lee, S.W. / Ha, S.C. / Kwon, T. / Seo, J.K. / Lee, C. / Rhee, H.W.
履歴
登録2016年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3
B: Serine/threonine-protein kinase mTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3143
ポリマ－24,4002
非ポリマー9141
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.038, 58.352, 86.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3 / PPIase FKBP3 / 25 kDa FK506-binding protein / FKBP-25 / FK506-binding protein 3 / FKBP-3 / ...PPIase FKBP3 / 25 kDa FK506-binding protein / FKBP-25 / FK506-binding protein 3 / FKBP-3 / Immunophilin FKBP25 / Rapamycin-selective 25 kDa immunophilin / Rotamase


分子量: 13047.042 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 109-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP3, FKBP25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q00688, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase mTOR / FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex- ...FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex-associated protein / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin / Rapamycin and FKBP12 target 1 / Rapamycin target protein 1


分子量: 11352.787 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2021-2112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTOR, FRAP, FRAP1, FRAP2, RAFT1, RAPT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG


分子量: 914.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H79NO13 / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% polyethyleneglycol 8000, 100mM sodium cacodylate, 200mM sodium acetate, 10mM manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.669→50 Å / Num. obs: 27591 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PBK, 1FAP

1pbk

1fap


解像度: 1.67→27.73 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1380 5 %
Rwork0.174 --
obs0.176 27591 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→27.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1656 0 65 288 2009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0472379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.423681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6685-1.72820.27141330.21792533X-RAY DIFFRACTION97
1.7282-1.79730.26831330.21522537X-RAY DIFFRACTION99
1.7973-1.87910.25741370.20162585X-RAY DIFFRACTION99
1.8791-1.97820.23421360.18682593X-RAY DIFFRACTION99
1.9782-2.10210.18931380.17212610X-RAY DIFFRACTION99
2.1021-2.26430.20851370.1682606X-RAY DIFFRACTION100
2.2643-2.4920.21271390.17462626X-RAY DIFFRACTION100
2.492-2.85230.22091390.18152660X-RAY DIFFRACTION100
2.8523-3.59240.18151410.16512678X-RAY DIFFRACTION100
3.5924-27.7380.20771470.15572783X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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