PDB-5gom: Truncated mitofusin-1, transition-like state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gom

タイトル

Truncated mitofusin-1, transition-like state

要素

Mitofusin-1

キーワード

HYDROLASE / mitochondrial fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.802 Å

データ登録者

Cao, Y.L. / Gao, S.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China	2013CB910500	中国
National Natural Science Foundation of China	31200553	中国
Ministry of Education of the People's Republic of China	NCET-12-0567	中国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: MFN1 structures reveal nucleotide-triggered dimerization critical for mitochondrial fusion
著者: Cao, Y.L. / Meng, S. / Chen, Y. / Feng, J.X. / Gu, D.D. / Yu, B. / Li, Y.J. / Yang, J.Y. / Liao, S. / Chan, D.C. / Gao, S.

履歴

登録	2016年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gom.cif.gz	342.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gom.ent.gz	281.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gom_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gom_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5gom_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	5gom_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5gom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5gom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5go4C 5goeC 5gofC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yke-d 6gbp-d 2a1a-1 6zg8-d 6zik-d 6gbo-d 6zg7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitofusin-1

B: Mitofusin-1

ヘテロ分子

96.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.108, 45.982, 146.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Mitofusin-1 / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1 分子量: 47816.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-362,UNP residues 696-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM MES (pH 6.0), 240mM NaCl, 36% pentaerythriol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8016→48.697 Å / Num. obs: 181542 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 20.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.802→48.69 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	2360	5.09 %
R_work	0.1889	-	-
obs	0.1926	46389	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.802→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6484	0	64	4	6552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	8993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.833	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8016-2.8588	0.3229	105	0.2716	2454	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8588-2.9209	0.3738	131	0.2489	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9209-2.9888	0.3911	131	0.2286	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9888-3.0636	0.3285	108	0.2358	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0636-3.1464	0.3017	125	0.2351	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1464-3.239	0.3969	151	0.2411	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.239-3.3435	0.2764	122	0.227	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3435-3.463	0.2787	160	0.2279	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.463-3.6016	0.3359	159	0.2259	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6016-3.7654	0.2934	150	0.2155	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7654-3.9639	0.2753	137	0.2053	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9639-4.2121	0.2894	146	0.1824	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2121-4.5371	0.2256	140	0.1572	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5371-4.9933	0.1877	146	0.1508	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9933-5.7148	0.2308	142	0.169	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7148-7.1963	0.2623	147	0.1987	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1963-48.697	0.2122	160	0.15	2495	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4059	1.8053	-6.0123	4.2184	-0.9689	4.5564	-0.103	-1.0528	-1.6364	0.1447	-0.4087	-1.4021	-0.1593	1.7315	0.4641	0.7998	0.124	0.0699	1.923	0.0841	0.8228	23.5462	20.4273	6.5172
2	6.594	0.5826	-0.0229	3.2838	-0.2276	4.5559	0.2437	-0.2383	-0.1844	0.081	-0.2232	-0.0852	-0.2204	-0.0736	-0.0288	0.5357	0.2083	0.1583	0.4474	0.1269	0.3448	-11.1055	18.6308	26.2366
3	5.4713	1.3051	-4.1481	2.8054	-0.8028	4.1554	0.0314	1.2315	0.2775	-0.0373	0.1844	-0.8669	-0.298	0.1306	-0.1583	0.6112	0.043	0.0461	1.1648	-0.0531	0.6014	17.151	25.5073	1.221
4	1.6034	-0.4033	-1.5251	1.8732	0.9553	3.393	-0.3735	-0.2074	-0.1397	-0.2254	0.0495	-0.2551	-0.7966	-0.8395	-0.5067	0.5636	0.2086	0.2562	3.285	-0.4632	0.2282	-64.0145	33.9178	71.1612
5	5.7787	-0.588	-0.8459	3.3868	-1.1983	5.8087	0.0545	-0.174	0.8378	0.1839	-0.1179	0.6464	-1.2356	-1.1752	0.0602	0.7967	0.2499	0.039	1.1734	-0.2148	0.6769	-44.4386	26.2173	41.0945
6	3.4879	0.0133	-0.5654	2.7225	-0.181	6.3606	0.2044	-1.3972	-0.0903	0.127	-0.4063	-0.1343	-0.2646	0.1324	0.2266	0.5194	-0.0102	0.0798	1.2812	0.0883	0.4402	-28.418	14.1046	47.877
7	2.1167	-1.5614	-3.1182	0.4295	1.8468	3.6174	-0.307	-0.9387	-0.3511	0.3379	-0.0024	0.0485	0.4512	-0.1996	0.2777	0.7328	-0.0354	0.1852	2.7091	-0.371	0.5848	-58.6126	25.4295	75.0645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 309 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 310 through 735 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 74 through 200 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 201 through 309 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 310 through 736 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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