PDB-5go4: Truncated mitofusin-1, nucleotide-free

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5go4

タイトル

Truncated mitofusin-1, nucleotide-free

要素

Mitofusin-1

キーワード

HYDROLASE / Mitochondrial Fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitochondrial outer membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Cao, Y.L. / Gao, S.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China	2013CB910500	中国
National Natural Science Foundation of China	31200553	中国
Ministry of Education of the People's Republic of China	NCET-12-0567	中国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: MFN1 structures reveal nucleotide-triggered dimerization critical for mitochondrial fusion
著者: Cao, Y.L. / Meng, S. / Chen, Y. / Feng, J.X. / Gu, D.D. / Yu, B. / Li, Y.J. / Yang, J.Y. / Liao, S. / Chan, D.C. / Gao, S.

履歴

登録	2016年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5go4.cif.gz	183.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5go4.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5go4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5goeC 5gofC 5gomC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g87-2 3tf4-1 3p0h-2 1ga2-2 2xfg-d 1ga2-1 4wkz-d 5olz-d 1g87-1 4z6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitofusin-1

48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.799, 110.876, 112.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitofusin-1 / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1 分子量: 48417.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-365,UNP residues 696-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Mitofusin-1 / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1

分子量: 48417.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-365,UNP residues 696-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.47 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate and 20~22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 62925 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 18.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.202→39.467 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.8
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2139	3219	5.12 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1771	62925	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→39.467 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	0	184	3455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	4523
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.752	2065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2022-2.2351	0.2674	155	0.2388	2356	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2351-2.27	0.2677	142	0.2285	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.3072	0.2663	135	0.2272	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.347	0.2361	124	0.2108	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.3897	0.2511	137	0.2021	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3897-2.4356	0.221	129	0.1881	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4356-2.4853	0.2179	138	0.1939	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4853-2.5393	0.2545	145	0.2028	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.5984	0.2154	131	0.204	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5984-2.6634	0.2849	148	0.2063	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6634-2.7354	0.2629	129	0.1998	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7354-2.8158	0.2445	158	0.2065	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8158-2.9067	0.2454	139	0.2036	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9067-3.0106	0.3129	142	0.2002	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0106-3.131	0.2066	156	0.1971	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.2735	0.2905	108	0.1919	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2735-3.446	0.2185	121	0.1837	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.446-3.6617	0.1997	136	0.1675	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6617-3.9442	0.1884	162	0.151	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9442-4.3407	0.173	173	0.1353	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3407-4.9677	0.1818	142	0.1329	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9677-6.2548	0.1861	132	0.1566	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2548-39.4736	0.1896	137	0.1737	2506	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4915	-0.8919	0.2049	4.8336	-2.5217	2.1011	-0.0488	-0.0462	-0.0312	-0.2894	0.0696	-0.0008	0.1502	-0.1006	-0.0404	0.2695	0.0221	-0.0373	0.3433	-0.023	0.2716	16.5083	-7.1419	34.4783
2	3.2348	-0.2526	0.1127	4.2622	1.4188	4.6568	-0.122	-0.347	0.106	0.3234	0.0111	0.1844	-0.0495	-0.393	0.0941	0.2826	0.0121	0.0177	0.3098	0.0398	0.2971	-1.4224	26.8744	23.6559
3	0.7007	-1.8741	1.0049	7.6039	-4.1384	2.7367	-0.2489	-0.1109	0.1026	0.464	0.0965	-0.5156	-0.2037	-0.0345	0.2032	0.217	-0.0109	-0.0692	0.3171	-0.024	0.3084	20.0572	5.8456	33.6937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 284 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 285 through 736 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)