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Yorodumi- PDB-4z6a: Crystal Structure of a FVIIa-Trypsin Chimera (YT) in Complex with... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4z6a | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of a FVIIa-Trypsin Chimera (YT) in Complex with Soluble Tissue Factor | ||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / trypsin-fold / protein-protein complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationactivation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / response to genistein / serine-type peptidase complex ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to vitamin K / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / circadian rhythm / phospholipid binding / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / : / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||||||||
| Model details | A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional ...A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional replacement of Tyr170b with Phe | ||||||||||||
Authors | Sorensen, A.B. / Svensson, L.A. / Gandhi, P.S. | ||||||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016Title: Molecular Basis of Enhanced Activity in Factor VIIa-Trypsin Variants Conveys Insights into Tissue Factor-mediated Allosteric Regulation of Factor VIIa Activity. Authors: Sorensen, A.B. / Madsen, J.J. / Svensson, L.A. / Pedersen, A.A. / stergaard, H. / Overgaard, M.T. / Olsen, O.H. / Gandhi, P.S. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4z6a.cif.gz | 326.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4z6a.ent.gz | 267.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4z6a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4z6a_validation.pdf.gz | 865.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4z6a_full_validation.pdf.gz | 868.9 KB | Display | |
| Data in XML | 4z6a_validation.xml.gz | 28 KB | Display | |
| Data in CIF | 4z6a_validation.cif.gz | 37.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6a | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4ylqC ![]() 4zmaC ![]() 1danS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Coagulation factor ... , 2 types, 2 molecules LH
| #1: Protein | Mass: 10500.729 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 108-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Tissue: Blood / Gene: F7 / Organ: Kidney / Plasmid: pQMCF-5Details (production host): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) Cell line (production host): CHOEBNALT85 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 27524.611 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 213-465 / Mutation: [169-175] LQQSRKVGDSPN - EASYPGK Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Tissue: Blood / Gene: F7 / Organ: Kidney / Plasmid: pQMCF-5Details (production host): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) Cell line (production host): CHOEBNALT85 / Production host: ![]() |
-Protein , 1 types, 1 molecules T
| #3: Protein | Mass: 23518.156 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 36-242 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Tissue: Blood / Gene: F3 / Plasmid: pET3a / Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 2 types, 2 molecules 


| #4: Sugar | ChemComp-BGC / |
|---|---|
| #5: Sugar | ChemComp-FUC / |
-Non-polymers , 4 types, 233 molecules 






| #6: Chemical | ChemComp-0Z6 / |
|---|---|
| #7: Chemical | ChemComp-CA / |
| #8: Chemical | ChemComp-CIT / |
| #9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.76 % / Description: Elongated hexgonal prisms |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1M NaCitrate, 16.6% PEG 3350, 12.5% 1-Propanol, with seeding |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 25, 2013 Details: Rh-coated Si mirrors: M1 collimating mirror, M2 toroidal focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.25→29.5155 Å / Num. all: 32043 / Num. obs: 32041 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1434 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 7.33 / Num. measured all: 155085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: In-House FVIIa-WT:sTF-FFR similar to 1DAN Resolution: 2.25→29.513 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 131.57 Å2 / Biso mean: 48.914 Å2 / Biso min: 15.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→29.513 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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