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- PDB-4z6a: Crystal Structure of a FVIIa-Trypsin Chimera (YT) in Complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z6a | |||||||||
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Title | Crystal Structure of a FVIIa-Trypsin Chimera (YT) in Complex with Soluble Tissue Factor | |||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / trypsin-fold / protein-protein complex | |||||||||
Function / homology | ![]() activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / cytokine-mediated signaling pathway / protein processing / phospholipid binding / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / protease binding / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional ...A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional replacement of Tyr170b with Phe | |||||||||
![]() | Sorensen, A.B. / Svensson, L.A. / Gandhi, P.S. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Basis of Enhanced Activity in Factor VIIa-Trypsin Variants Conveys Insights into Tissue Factor-mediated Allosteric Regulation of Factor VIIa Activity. Authors: Sorensen, A.B. / Madsen, J.J. / Svensson, L.A. / Pedersen, A.A. / stergaard, H. / Overgaard, M.T. / Olsen, O.H. / Gandhi, P.S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 873.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ylqC ![]() 4zmaC ![]() 1danS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Coagulation factor ... , 2 types, 2 molecules LH
#1: Protein | Mass: 10500.729 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 108-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Details (production host): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) Cell line (production host): CHOEBNALT85 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 27524.611 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 213-465 / Mutation: [169-175] LQQSRKVGDSPN - EASYPGK Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Details (production host): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) Cell line (production host): CHOEBNALT85 / Production host: ![]() ![]() |
-Protein , 1 types, 1 molecules T
#3: Protein | Mass: 23518.156 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 36-242 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules 


#4: Sugar | ChemComp-BGC / |
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#5: Sugar | ChemComp-FUC / |
-Non-polymers , 4 types, 233 molecules 






#6: Chemical | ChemComp-0Z6 / |
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#7: Chemical | ChemComp-CA / |
#8: Chemical | ChemComp-CIT / |
#9: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.76 % / Description: Elongated hexgonal prisms |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1M NaCitrate, 16.6% PEG 3350, 12.5% 1-Propanol, with seeding |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 25, 2013 Details: Rh-coated Si mirrors: M1 collimating mirror, M2 toroidal focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→29.5155 Å / Num. all: 32043 / Num. obs: 32041 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1434 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 7.33 / Num. measured all: 155085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: In-House FVIIa-WT:sTF-FFR similar to 1DAN Resolution: 2.25→29.513 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.57 Å2 / Biso mean: 48.914 Å2 / Biso min: 15.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→29.513 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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