[日本語] English
万見
- PDB-5gnt: BDLP-like folding of Mitofusin 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gnt
タイトルBDLP-like folding of Mitofusin 1
要素Mitofusin-1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Mitofusin 1 / BDLP-like folding
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane ...RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / GTP binding / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Mitofusin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.665 Å
データ登録者Yan, L. / Yu, C. / Ming, Z. / Rao, Z. / Lou, Z. / Hu, J.
資金援助 中国, Armenia, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31225006 中国
International Early Career Scientist grant from Howard Hughes Medical Institute.Armenia
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: the structure of mini-MFN1 in complex with GDP
著者: Yan, L. / Yu, C. / Ming, Z.
履歴
登録2016年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitofusin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8362
ポリマ－47,3931
非ポリマー4431
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.361, 72.527, 94.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Mitofusin-1 / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1


分子量: 47392.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1 / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O11P2
参照: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM sodium sulfate decahydrate and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 14293 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 56.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.665→44.495 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 718 5.04 %
Rwork0.206 --
obs0.2093 14251 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.665→44.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 0 18 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4864194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4841164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6649-2.87060.32221720.2492610X-RAY DIFFRACTION100
2.8706-3.15950.331270.2392687X-RAY DIFFRACTION100
3.1595-3.61650.30551370.22272687X-RAY DIFFRACTION100
3.6165-4.55560.23831350.18752732X-RAY DIFFRACTION100
4.5556-44.5010.25361470.19342817X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る