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- PDB-5gmj: Crystal Structure of GRASP55 GRASP domain in complex with JAM-B C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gmj
タイトルCrystal Structure of GRASP55 GRASP domain in complex with JAM-B C-terminus
要素
  • Golgi reassembly-stacking protein 2
  • Junctional adhesion molecule B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/PEPTIDE / beta strand sandswish / classic PDZ peptide binding groove / conserved carboxylate-binding loop / STRUCTURAL PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte migration / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / organelle organization / cellular extravasation / organelle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of myelination / Integrin cell surface interactions ...positive regulation of lymphocyte migration / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / organelle organization / cellular extravasation / organelle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of myelination / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / leukocyte tethering or rolling / myoblast fusion / negative regulation of cell adhesion / tight junction / leukocyte cell-cell adhesion / Golgi medial cisterna / Golgi organization / spermatid development / bicellular tight junction / somatodendritic compartment / response to endoplasmic reticulum stress / cell-cell adhesion / integrin binding / spermatogenesis / cell differentiation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Junctional adhesion molecule B / GRASP55/65 / GRASP-type PDZ domain / GRASP55/65 PDZ-like domain / GRASP-type PDZ domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Junctional adhesion molecule B / GRASP55/65 / GRASP-type PDZ domain / GRASP55/65 PDZ-like domain / GRASP-type PDZ domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / PDZ superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Roll / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Golgi reassembly-stacking protein 2 / Junctional adhesion molecule B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.986 Å
データ登録者Shi, N. / Shi, X. / Morelli, X. / Betzi, S. / Huang, X.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370738 中国
Campus FrancePHC CAI YUANPEI 2013 - Project N26203WD フランス
引用ジャーナル: PLoS Genet. / 年: 2017
タイトル: Genetic, structural, and chemical insights into the dual function of GRASP55 in germ cell Golgi remodeling and JAM-C polarized localization during spermatogenesis
著者: Cartier-Michaud, A. / Bailly, A.L. / Betzi, S. / Shi, X. / Lissitzky, J.C. / Zarubica, A. / Serge, A. / Roche, P. / Lugari, A. / Hamon, V. / Bardin, F. / Derviaux, C. / Lembo, F. / Audebert, ...著者: Cartier-Michaud, A. / Bailly, A.L. / Betzi, S. / Shi, X. / Lissitzky, J.C. / Zarubica, A. / Serge, A. / Roche, P. / Lugari, A. / Hamon, V. / Bardin, F. / Derviaux, C. / Lembo, F. / Audebert, S. / Marchetto, S. / Durand, B. / Borg, J.P. / Shi, N. / Morelli, X. / Aurrand-Lions, M.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2
C: Junctional adhesion molecule B
D: Junctional adhesion molecule B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3254
ポリマ－56,3254
非ポリマー00
水59433
1
A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2
C: Junctional adhesion molecule B
D: Junctional adhesion molecule B

A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2
C: Junctional adhesion molecule B
D: Junctional adhesion molecule B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6508
ポリマ－112,6508
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area19820 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area34590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.989, 132.989, 219.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERchain AAA-14 - 20813 - 235
2GLUGLUchain BBB-15 - 20812 - 235

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要素

#1: タンパク質 Golgi reassembly-stacking protein 2 / GRS2 / Golgi reassembly-stacking protein of 55 kDa / GRASP55


分子量: 25945.014 Da / 分子数: 2 / 断片: grasp domain, UNP residues 2-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gorasp2,GOLPH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99JX3
#2: タンパク質・ペプチド Junctional adhesion molecule B / JAM-B / Junctional adhesion molecule 2 / JAM-2 / Vascular endothelial junction-associated molecule / VE-JAM


分子量: 2217.540 Da / 分子数: 2 / 断片: peptide of JamB C termianl / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JI59
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: sodium formate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.986→54.85 Å / Num. obs: 20363 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1792 / Net I/σ(I): 11.66
反射 シェル解像度: 2.986→3.093 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RLE

3rle


解像度: 2.986→54.849 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 1875 9.83 %Random selection
Rwork0.2247 34410 --
obs0.2296 19080 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 211.19 Å2 / Biso mean: 69.8719 Å2 / Biso min: 24.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.986→54.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 0 33 3587
Biso mean---53.35 -
残基数----461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1654961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8211342
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1948X-RAY DIFFRACTION13.141TORSIONAL
12B1948X-RAY DIFFRACTION13.141TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9864-3.02420.33611360.279412931429100
3.0242-3.0640.36221350.26712611396100
3.064-3.1060.38711370.263612771414100
3.106-3.15040.27781450.259612751420100
3.1504-3.19740.32511460.232912831429100
3.1974-3.24730.26531370.23912681405100
3.2473-3.30060.27681390.230912951434100
3.3006-3.35750.29661400.246512611401100
3.3575-3.41850.32511340.223112731407100
3.4185-3.48430.25481400.228212801420100
3.4843-3.55540.26981380.232412541392100
3.5554-3.63270.25611400.20912751415100
3.6327-3.71710.23641390.206712791418100
3.7171-3.81010.30651380.216412831421100
3.8101-3.91310.27821350.211912701405100
3.9131-4.02820.2581390.216812871426100
4.0282-4.15820.28211400.201512751415100
4.1582-4.30670.2921350.201212721407100
4.3067-4.47910.23621370.194112671404100
4.4791-4.68280.20551380.194312771415100
4.6828-4.92960.26221380.200512811419100
4.9296-5.23820.26181410.203612641405100
5.2382-5.64230.29331390.240712631402100
5.6423-6.20940.3121390.249512811420100
6.2094-7.10620.30211390.24512771416100
7.1062-8.94680.23181400.248412791419100
8.9468-54.85850.27141460.24721260140699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18513.4608-2.47493.7467-1.13672.3967-0.59681.89111.3301-0.31340.92371.1366-0.2297-0.613-0.48580.4031-0.157-0.0920.52240.18410.612953.983212.045213.6436
24.0768-0.3897-1.02367.2621-4.00397.7182-0.04730.3092-0.0489-0.23120.33270.1268-0.364-0.4274-0.26430.5646-0.2171-0.12320.51280.1620.38379.190924.4570.0665
35.61952.6271-3.17552.0767-1.9172.11320.17650.04330.27680.0442-0.0571-0.0238-0.5401-0.0786-0.19230.6346-0.2134-0.05370.4490.21760.478282.437529.95760.7504
40.65291.30280.07135.3720.35592.03410.0977-0.1437-0.3744-0.3495-0.1214-0.08860.3951-0.42310.08530.4667-0.4445-0.18220.55960.10920.455184.191620.561-0.8062
57.01221.4327-0.38455.15110.16673.2611-0.69630.29320.4473-0.60210.329-0.14160.2072-0.0039-0.06010.4897-0.29210.15160.4144-0.06360.374777.23830.47717.4578
67.70381.0882-2.790.9279-0.16971.0757-0.17171.46470.4624-0.97210.00360.45390.5922-0.3971-0.23561.9819-0.5242-0.20821.4291-0.10450.646174.4911.3922-8.2789
75.08980.6798-0.19614.4365-1.44891.9906-0.41590.56860.0307-0.59220.1072-0.67930.054-0.07550.29750.5647-0.27460.05770.50160.03180.306176.32324.88146.8576
85.88233.74471.69116.81092.27973.82140.3901-0.4789-0.95210.743-0.4368-1.02270.62990.28980.29130.5513-0.0244-0.06940.30890.02690.487776.9016-14.119219.7514
97.59741.14221.1854.96190.24213.04230.04720.3276-1.30180.044-0.1721-0.95491.0690.623-0.02970.52780.0878-0.08580.4960.04070.600389.549210.615532.5996
107.42850.43352.6624.19951.35085.80950.0619-0.3286-0.36430.2620.1433-0.12390.0895-0.116-0.19060.3274-0.0017-0.11870.38690.04110.311792.851115.540332.9826
115.851-1.34270.73624.31221.09071.1852-0.0581-0.74830.30420.6503-0.0479-0.01960.0581-0.02140.04030.5002-0.133-0.07550.4010.00820.221669.31329.766429.6468
124.9884-1.33743.23870.3923-0.84682.1161-0.0079-2.2296-0.63770.74510.08630.9863-0.0303-0.9432-0.1070.7064-0.0380.05540.86520.13560.513382.758115.501441.2678
132.8426-2.177-0.48594.5014-3.86386.41391.0439-0.661-0.0177-0.7984-2.08831.2431.0789-0.22180.39770.9956-0.3119-0.09560.81-0.16090.688284.476616.8453-6.6187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -14 through 5 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 53 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 85 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 109 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 110 through 139 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 160 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 161 through 208 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -15 through 4 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 5 through 26 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 27 through 110 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 111 through 208 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 12 through 19 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 14 through 19 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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