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- PDB-5gml: Crystal Structure of GRASP Domain of GRASP55 with N terminal extr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gml
タイトルCrystal Structure of GRASP Domain of GRASP55 with N terminal extra residues
要素Golgi reassembly-stacking protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta strand sandswish / classic PDZ peptide binding groove / conserved carboxylate-binding loop
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / organelle organization / establishment of protein localization to plasma membrane / organelle assembly / response to unfolded protein / response to endoplasmic reticulum stress / spermatogenesis / cell differentiation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
GRASP55/65 / GRASP-type PDZ domain / GRASP55/65 PDZ-like domain / GRASP-type PDZ domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Golgi reassembly-stacking protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.546 Å
データ登録者Shi, N. / Shi, X. / Morelli, X. / Betzi, S. / Huang, X.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370738 中国
Campus FrancePHC CAI YUANPEI 2013 - Project N26203WD フランス
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural relationship of the tandem PDZ tandem from Grasp55 and its implication in the unconventional secretion pathway
著者: Cartier-Michaud, A. / Betzi, S. / Shi, X. / Shi, N. / Morelli, X. / Aurrand-Lions, M.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8902
ポリマ－51,8902
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2

A: Golgi reassembly-stacking protein 2
B: Golgi reassembly-stacking protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7804
ポリマ－103,7804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_575-x,-y+2,z1
Buried area14620 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.312, 132.312, 221.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

21A-328-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: -14 - 208 / Label seq-ID: 13 - 235

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Golgi reassembly-stacking protein 2 / GRS2 / Golgi reassembly-stacking protein of 55 kDa / GRASP55


分子量: 25945.014 Da / 分子数: 2 / 断片: grasp domain, UNP residues 2-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gorasp2,GOLPH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99JX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: sodium formate, sodium acetate, etc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.546→93.56 Å / Num. obs: 32268 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1306 / Net I/σ(I): 14.53
反射 シェル解像度: 2.546→2.637 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.9802 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / % possible all: 99.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RLE

3rle


解像度: 2.546→93.559 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3106 1887 6.18 %Random selection
Rwork0.261 57256 --
obs0.264 30510 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.08 Å2 / Biso mean: 66.6817 Å2 / Biso min: 22.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.546→93.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 0 73 3499
Biso mean---58.95 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2614754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0121278
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1969X-RAY DIFFRACTION11.313TORSIONAL
12B1969X-RAY DIFFRACTION11.313TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5465-2.57870.40891400.32082070221098
2.5787-2.61270.3731440.324821162260100
2.6127-2.64850.3311370.292621362273100
2.6485-2.68630.33731450.305121672312100
2.6863-2.72640.35521380.301820912229100
2.7264-2.7690.34421410.289321422283100
2.769-2.81440.37591460.296921402286100
2.8144-2.86290.37391370.295421212258100
2.8629-2.9150.31781450.278821272272100
2.915-2.97110.3041400.278821402280100
2.9711-3.03170.33841350.268921502285100
3.0317-3.09760.40511400.271621082248100
3.0976-3.16970.26041400.254621422282100
3.1697-3.2490.3281400.246421142254100
3.249-3.33680.33831420.248121492291100
3.3368-3.4350.28211390.261121362275100
3.435-3.54590.27411390.253321352274100
3.5459-3.67260.27321430.242921232266100
3.6726-3.81970.30781430.247421522295100
3.8197-3.99350.26271340.244521032237100
3.9935-4.20410.29551430.246821272270100
4.2041-4.46750.33351380.227321492287100
4.4675-4.81240.26361360.236621282264100
4.8124-5.29660.30941410.246421482289100
5.2966-6.06290.27511410.27882114225599
6.0629-7.63810.34621430.260421322275100
7.6381-93.62190.33041230.29861896201989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5259-1.1956-1.95424.4611.41650.9173-0.6657-0.3059-0.65450.51560.05990.66150.19820.24150.48630.45080.079-0.04770.3888-0.03020.403-12.666120.314175.3674
24.93595.0569-1.31885.1033-1.37470.32250.7079-0.75380.09470.77420.88721.5230.476-2.078-0.13610.5416-0.25940.12831.03910.54980.99894.5703106.047391.2032
33.2925-1.90162.61215.6545-1.43472.58220.2150.24530.11240.4881-0.0988-0.1236-0.3036-0.0573-0.04250.46380.05950.05960.4330.1790.415115.7976108.015287.3393
44.7559-0.69291.83943.8899-1.05062.16470.14340.3836-0.0213-0.0501-0.07660.20520.14710.1359-0.10430.37030.035-0.03490.35060.15630.540415.7953101.73987.5171
51.8371-0.98330.0995.24170.0623.01840.5285-0.29340.31050.3387-0.06380.3636-0.3716-0.2656-0.64120.5204-0.12020.05110.37350.15710.434718.0614110.768789.1511
65.72530.30981.47087.88120.42223.4080.1359-0.49110.00420.3663-0.1201-0.11020.03930.2184-0.1850.2930.07050.05810.41260.03250.222810.7587131.671881.4324
76.9389-4.51172.19213.40890.10445.6307-0.7448-1.5647-1.60782.37491.82630.4353-0.3687-0.5601-0.49781.27550.10990.2231.05650.2020.58747.8879130.892896.6755
84.14080.6908-0.84888.45521.48841.83220.0939-0.5147-0.06260.5236-0.0869-1.0131-0.3669-0.2396-0.01470.35270.0919-0.05130.58980.0830.357715.8816124.547384.0365
92.63732.12070.72365.03350.41823.0138-0.1235-0.33290.15220.10640.03910.3946-0.1534-0.0718-0.00350.24270.13310.06030.37790.0630.27065.7717129.227780.6652
105.6179-2.05590.45514.64330.48272.54040.1628-0.38790.9904-1.37230.5054-0.9486-0.34590.5553-0.42850.472-0.03540.22370.27040.13890.622112.2853145.048569.0444
116.175-1.2374-3.08842.22181.79495.76360.4646-0.19740.0901-0.1446-0.4573-0.1696-0.51370.5283-0.13850.4680.13870.12720.53780.05030.349522.8362119.051158.7814
123.874-2.2481-3.2143.54432.11152.20710.28420.34530.18-0.2627-0.0818-0.1409-0.12310.0783-0.17370.46890.24820.13210.64630.11770.420629.108117.893453.6867
134.9225-2.5453-0.50433.5508-0.55570.87320.1628-0.0381-0.19411.49180.03980.2041-0.9317-0.8795-0.2130.34761.00760.3388-0.00220.15560.677820.829114.355554.6891
145.6651-0.04770.13986.8990.96542.87890.51980.9042-0.3523-0.4438-0.6429-0.0288-0.0346-0.2010.2530.4770.2894-0.05440.5603-0.14850.36480.7098121.440562.2201
151.62072.39260.47078.65531.45650.24390.5741.3839-0.8710.22870.1827-1.3853-0.067-2.9901-0.91911.17770.3482-0.06051.9138-0.02860.83151.7387126.296847.8696
163.1434-1.0669-2.35994.267-0.46281.75150.51221.0281-0.5903-0.5207-0.61070.04180.1204-0.11030.04680.47070.3488-0.04560.7136-0.17940.32894.0807122.130761.0029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -14 through 5 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 19 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 53 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 85 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 86 through 109 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 110 through 139 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 140 through 160 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 161 through 178 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 179 through 208 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -14 through 5 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 6 through 37 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 38 through 85 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 86 through 109 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 110 through 140 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 141 through 156 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 157 through 208 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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