[日本語] English
万見
- PDB-5gma: Crystal structure of the P228A variant of Thermotoga maritima ace... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gma
タイトルCrystal structure of the P228A variant of Thermotoga maritima acetyl esterase
要素Cephalosporin-C deacetylase
キーワードHYDROLASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / CEPHALOSPORIN DEACETYLASE / ROSSMAN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan metabolic process / cephalosporin C metabolic process / cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cephalosporin-C deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Manoj, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR13805/PID/06/550/2010 インド
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural role of a conserved active site cis proline in the Thermotoga maritima acetyl esterase from the carbohydrate esterase family 7
著者: Singh, M.K. / Manoj, N.
#1: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2016
タイトル: An extended loop in CE7 carbohydrate esterase family is dispensable for oligomerization but required for activity and thermostability.
著者: Singh, M.K. / Manoj, N.
#2: ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima acetyl esterase complex with a substrate analog: Insights into the distinctive substrate specificity in the CE7 carbohydrate esterase family.
著者: Singh, M.K. / Manoj, N.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cephalosporin-C deacetylase
B: Cephalosporin-C deacetylase
C: Cephalosporin-C deacetylase
D: Cephalosporin-C deacetylase
E: Cephalosporin-C deacetylase
F: Cephalosporin-C deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,9989
ポリマ－231,8216
非ポリマー1773
水13,637757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21870 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area59990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.760, 115.690, 103.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cephalosporin-C deacetylase / Acetylxylan esterase


分子量: 38636.883 Da / 分子数: 6 / 変異: P228A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: axeA, TM_0077 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q9WXT2, cephalosporin-C deacetylase, acetylxylan esterase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 30%(V/V) pentaerythritolethoxylate (15/4 EO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月25日
放射モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50.14 Å / Num. obs: 115330 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.95 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
iMOSFLM7.1.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FDF

5fdf


解像度: 2.1→50.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.241 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21359 5781 5 %RANDOM
Rwork0.17611 ---
obs0.17799 109517 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å20.17 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15307 0 12 757 16076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01915829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9521526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.956333456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35351944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.10122.828746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.366152341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.40815106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02118153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1031.9867779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1011.9857775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8182.9719711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8182.9719712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.232.1098050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.232.1098051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0363.11211813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.60416.15218540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.60416.15318541
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 418 -
Rwork0.24 8083 -
obs--99.87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る