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万見
- PDB-3m81: Crystal structure of Acetyl xylan esterase (TM0077) from THERMOTO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m81
タイトルCrystal structure of Acetyl xylan esterase (TM0077) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.50 A resolution (native apo structure)
要素Acetyl xylan esterase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / AXE1
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan metabolic process / cephalosporin C metabolic process / cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cephalosporin-C deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Functional and structural characterization of a thermostable acetyl esterase from Thermotoga maritima.
著者: Levisson, M. / Han, G.W. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Biely, P. / Hendriks, S. / Ten Eyck, L.F. / Flensburg, C. / Roversi, P. / Miller, M.D. / McMullan, D. / von Delft, F. / Kreusch, A. / ...著者: Levisson, M. / Han, G.W. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Biely, P. / Hendriks, S. / Ten Eyck, L.F. / Flensburg, C. / Roversi, P. / Miller, M.D. / McMullan, D. / von Delft, F. / Kreusch, A. / Deacon, A.M. / van der Oost, J. / Lesley, S.A. / Elsliger, M.A. / Kengen, S.W. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月9日Group: Database references
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,12230
ポリマ－231,9786
非ポリマー1,14524
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21880 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area63270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.460, 103.790, 221.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 323 / Label seq-ID: 15 - 335

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Acetyl xylan esterase


分子量: 38662.922 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0077, TM_0077 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9WXT2

-
非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2000M CaAcetate, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.795 Å / Num. obs: 83045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.247 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 14.37
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.560.0112.99071860821100
2.56-2.640.0113.28805859111100
2.64-2.710.0113.88636657941100
2.71-2.80.0114.68286355561100
2.8-2.890.0115.48116554551100
2.89-2.990.0116.47804952401100
2.99-3.10.01187507850431100
3.1-3.230.0119.47287449031100
3.23-3.370.01112.77001347191100
3.37-3.540.01114.56642644881100
3.54-3.730.01119.36339643071100
3.73-3.950.01123.55961740561100
3.95-4.230.01126.65564138081100
4.23-4.560.01129.45206135751100
4.56-50.011314788033151100
5-5.590.01127.34277829861100
5.59-6.450.01125.73769626961100
6.45-7.910.01130.93228922671100
7.91-11.180.01143.72542218031100
11.18-48.7950.01145.8136261041198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
PHASER位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vlq

1vlq


解像度: 2.5→48.795 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.194 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. CALCIUM (CA), CHLORIDE (CL) AND ACETATE (ACT) IONS FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS, AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MOLECULES FROM CRYO CONDITION ARE MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 4200 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 83045 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.04 Å2 / Biso mean: 29.065 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15568 0 54 507 16129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02216135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.95721874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.972327234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95451937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49623.03792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.952152544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.77215114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.23262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.211698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.27855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.28140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1240.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3220.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.748310023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.21733892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.577515576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.69887249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.97116298
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1853TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B1853TIGHT POSITIONAL0.050.05
3C1853TIGHT POSITIONAL0.050.05
4D1853TIGHT POSITIONAL0.040.05
5E1853TIGHT POSITIONAL0.050.05
6F1853TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A2550MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2B2550MEDIUM POSITIONAL0.280.5
3C2550MEDIUM POSITIONAL0.290.5
4D2550MEDIUM POSITIONAL0.250.5
5E2550MEDIUM POSITIONAL0.290.5
6F2550MEDIUM POSITIONAL0.230.5
1A1853TIGHT THERMAL0.150.5
2B1853TIGHT THERMAL0.170.5
3C1853TIGHT THERMAL0.140.5
4D1853TIGHT THERMAL0.150.5
5E1853TIGHT THERMAL0.180.5
6F1853TIGHT THERMAL0.170.5
1A2550MEDIUM THERMAL1.012
2B2550MEDIUM THERMAL1.082
3C2550MEDIUM THERMAL0.942
4D2550MEDIUM THERMAL1.082
5E2550MEDIUM THERMAL1.152
6F2550MEDIUM THERMAL1.152
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 317 -
Rwork0.258 5751 -
all-6068 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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