[日本語] English
万見
- PDB-5gl6: Msmeg rimP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gl6
タイトルMsmeg rimP
要素Ribosome maturation factor RimP
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / rimP Mycobacterium Smegmatis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome maturation factor RimP / Ribosome maturation factor RimP, N-terminal / Ribosome maturation factor RimP, C-terminal / RimP, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation factor RimP, C-terminal domain superfamily / RimP N-terminal domain / RimP C-terminal SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation factor RimP
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chu, T. / Lau, T.C.K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: The ribosomal maturation factor P fromMycobacterium smegmatisfacilitates the ribosomal biogenesis by binding to the small ribosomal protein S12.
著者: Chu, T. / Weng, X. / Law, C.O.K. / Kong, H.K. / Lau, J. / Li, S. / Pham, H.Q. / Wang, R. / Zhang, L. / Kao, R.Y.T. / Lau, K.F. / Ngo, J.C.K. / Lau, T.C.K.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation factor RimP
B: Ribosome maturation factor RimP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7362
ポリマ－38,7362
非ポリマー00
水2,054114
1
A: Ribosome maturation factor RimP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3681
ポリマ－19,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosome maturation factor RimP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3681
ポリマ－19,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.990, 75.440, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation factor RimP


分子量: 19367.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: rimP, MSMEG_2624, MSMEI_2562
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0QVM3
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 6% Acetonitrile, 0.2M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.22 Å / Num. obs: 24283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
SCALAデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化解像度: 2.2→31.283 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 1235 5.12 %
Rwork0.2311 --
obs0.2328 24119 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 0 114 2660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2393490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.231974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.28810.38991660.34872494X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.39220.38081210.30962517X-RAY DIFFRACTION100
2.3922-2.51830.33881240.31462535X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.6760.34441110.31072568X-RAY DIFFRACTION100
2.676-2.88250.3831380.29932472X-RAY DIFFRACTION99
2.8825-3.17230.28591110.28472528X-RAY DIFFRACTION98
3.1723-3.63080.28431560.2292535X-RAY DIFFRACTION99
3.6308-4.57210.21631610.18682531X-RAY DIFFRACTION98
4.5721-31.28630.20381470.18332704X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.24022.1176-0.77243.6698-2.03146.6827-0.2160.3606-0.3235-1.4360.0131-0.2509-0.162-0.12370.05731.1098-0.04540.08410.5320.02690.651-0.5318-13.647278.0726
21.80340.8929-0.04455.52580.80927.9969-0.09450.12370.05640.13630.0428-0.15130.1540.18040.08360.45210.0133-0.07190.46640.02140.42415.487111.859467.3597
35.68081.9584-0.10264.5533-2.32627.06520.14520.3584-0.2599-0.3625-0.16550.0272-0.0117-0.08790.04570.47010.08660.01320.34980.0740.401627.73873.75677.8652
41.5099-0.1086-0.77564.09772.37667.443-0.11470.00030.1826-0.07460.0185-0.4091-0.30560.43120.06490.3998-0.03310.01110.47390.00520.388533.477929.166967.5191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 12 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 91 through 180 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る