PDB-5gkr: Crystal structure of SLE patient-derived anti-DNA antibody in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gkr

タイトル

Crystal structure of SLE patient-derived anti-DNA antibody in complex with oligonucleotide

要素

DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
IgG2, Fab (heavy chain)
lambda, Fab (light chain)

キーワード

IMMUNE SYSTEM/DNA / antibody / lupus / DNA / Fab / IMMUNE SYSTEM-DNA complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Arimori, T. / Sakakibara, S. / Kikutani, H. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Clonal evolution and antigen recognition of anti-nuclear antibodies in acute systemic lupus erythematosus
著者: Sakakibara, S. / Arimori, T. / Yamashita, K. / Jinzai, H. / Motooka, D. / Nakamura, S. / Li, S. / Takeda, K. / Katayama, J. / El Hussien, M.A. / Narazaki, M. / Tanaka, T. / Standley, D.M. / ...

履歴

登録	2016年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gkr.cif.gz	323.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gkr.ent.gz	263.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gkr_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gkr_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	5gkr_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	5gkr_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gkr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gksC 4idjS 4llwS 4qhkS 4y5yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m76-d 7kgo-d 2zok-3 1kpr-1 1s7x-4 3tnn-2 6l9n-3 2zok-4 1n5a-1 5hhq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IgG2, Fab (heavy chain)

B: lambda, Fab (light chain)

C: IgG2, Fab (heavy chain)

D: lambda, Fab (light chain)

T: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')

93.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IgG2, Fab (heavy chain)

B: lambda, Fab (light chain)

T: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')

登録者が定義した集合体
47.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: IgG2, Fab (heavy chain)

D: lambda, Fab (light chain)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.515, 147.515, 112.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	2 - 215
2	1	C	2 - 215
1	2	B	3 - 212
2	2	D	3 - 212

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	IgG2, Fab (heavy chain) 分子量: 23397.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	lambda, Fab (light chain) 分子量: 22948.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPTPT)-3') 分子量: 1171.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 0.2 M NaCl, 1 M Sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.67
1	1	K, H, -L	2	0.33

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 53509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 23.1

反射シェル

解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.857 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QHK, 4Y5Y, 4IDJ, and 4LLW

解像度: 2.1→26.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.593 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18512	2609	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16253	-	-	-
obs	0.16359	50879	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→26.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6239	64	0	156	6459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	6478
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.938	8855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.051	3	13575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.268	24.097	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.369	15	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.916	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.545	2.281	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.545	2.281	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.961	3.414	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.961	3.414	4114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.515	2.366	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.508	2.364	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.882	3.529	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.927	18.153	6698
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.927	18.151	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20840	0.11
1	2	C	20840	0.11
2	1	B	20906	0.1
2	2	D	20906	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	176	-
R_work	0.203	3756	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0819	0.118	-0.0177	1.193	0.3585	1.5858	-0.029	0.0151	0.0287	0.0029	0.0422	-0.0508	-0.0403	0.0258	-0.0132	0.1273	0.0018	0.0021	0.1649	0.0026	0.0114	-35.597	135.114	1.257
2	1.7193	0.1505	-0.1296	0.5354	-0.0845	1.5829	0.026	-0.0131	0.0008	0.0632	0.0191	-0.0273	-0.0023	-0.0586	-0.0451	0.1622	0.0002	-0.0272	0.1479	-0.0149	0.0162	-34.615	133.682	22.775
3	2.1201	0.1678	1.3708	3.0455	0.9125	3.4839	0.1718	0.1665	-0.2658	0.2682	-0.0875	-0.0334	0.6925	0.1657	-0.0843	0.2665	0.0625	0.0047	0.1618	-0.0622	0.0547	5.788	111.372	28.996
4	2.9045	-1.3233	1.5664	2.3881	-1.1496	3.0415	0.2595	0.4894	-0.1998	-0.1445	-0.2104	0.134	0.5779	0.2754	-0.0491	0.2807	0.0604	-0.0087	0.3353	-0.1542	0.0804	-2.567	114.391	9.437
5	2.4058	0.9305	-0.8022	2.1838	-0.8631	1.3029	-0.0469	-0.1243	0.0386	-0.0171	-0.0488	-0.0121	-0.1098	0.0245	0.0956	0.1258	-0.0678	-0.014	0.1609	-0.0364	0.0222	-62.393	112.328	9.109
6	0.9056	1.0732	0.5661	6.0558	3.5406	3.8167	0.1454	0.0814	-0.2595	0.4927	0.16	-0.4143	0.2408	0.2356	-0.3054	0.1089	-0.016	-0.0699	0.1976	-0.009	0.0896	-48.821	108.13	18.056
7	1.8174	-0.3382	0.1862	2.2246	-0.7121	2.1351	-0.0333	0.2448	0.0986	-0.0586	0.0308	0.0417	-0.0747	-0.0417	0.0024	0.0887	-0.0585	-0.013	0.1746	-0	0.0196	3.258	146.926	28.179
8	5.4032	3.9602	0.8849	4.1044	0.6946	3.2454	-0.3659	0.5756	-0.0498	-0.5114	0.4662	-0.1189	-0.0298	0.1019	-0.1002	0.1184	-0.0785	0.0251	0.2539	-0.0331	0.012	10.184	142.641	13.695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	111 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	117 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	113 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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