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- PDB-5gj3: Periplasmic heme-binding protein RhuT from Roseiflexus sp. RS-1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gj3
タイトルPeriplasmic heme-binding protein RhuT from Roseiflexus sp. RS-1 in two-heme bound form (holo-2)
要素Periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / metal transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Roseiflexus sp. RS-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
Model detailsPeriplasmic heme-binding protein RhuT in ABC heme transporter system
データ登録者Rahman, M.M. / Naoe, Y. / Nakamura, N. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
JSPSJP24770110 日本
JSPSJP15H01655 日本
JSPSJP25121739 日本
JSPSJP23121531 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural basis for binding and transfer of heme in bacterial heme-acquisition systems.
著者: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
履歴
登録2016年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02017年11月15日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: citation / entity_poly
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7417
ポリマ－28,2461
非ポリマー1,4956
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.326, 86.338, 118.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

ZN

21A-406-

ZN

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein / periplasmic heme-binding protein RhuT


分子量: 28246.318 Da / 分子数: 1 / 断片: heme binding domain, UNP residues 96-360 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseiflexus sp. RS-1 (バクテリア)
株: RS-1 / 遺伝子: RoseRS_3565 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A5UZ69
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 % / Mosaicity: 0.796 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 5% PEG 8000, 0.1 M zinc acetate, and 50 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23911 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/av σ(I): 14.679 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.037.10.544197.8
2.03-2.077.30.493199.4
2.07-2.117.60.442199.6
2.11-2.157.90.4071100
2.15-2.280.3491100
2.2-2.2580.3471100
2.25-2.318.10.3011100
2.31-2.378.10.2551100
2.37-2.448.10.241100
2.44-2.528.10.2251100
2.52-2.618.10.1951100
2.61-2.718.10.171100
2.71-2.848.10.1591100
2.84-2.998.20.1361100
2.99-3.178.10.1261100
3.17-3.428.10.1141100
3.42-3.768.10.0961100
3.76-4.318.10.0811100
4.31-5.4380.0671100
5.43-507.60.05199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MD9

3md9


解像度: 2→43.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1635 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.15
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1157 5.1 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1892 21312 94.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.6 Å2 / Biso mean: 26.41 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.23 Å2-0 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 90 126 2203
Biso mean--25.57 34.43 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8312.0612928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6515271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28223.92479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0681518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0221635
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 60 -
Rwork0.175 1141 -
all-1201 -
obs--69.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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