PDB-5giz: Periplasmic heme-binding protein BhuT in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5giz

タイトル

Periplasmic heme-binding protein BhuT in apo form

要素

Putative hemin transport system, substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / metal transport

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

Model details

Periplasmic heme-binding protein BhuT in ABC heme transporter system

データ登録者

Nakamura, N. / Naoe, Y. / Rahman, M.M. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.

資金援助

日本, 4件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural basis for binding and transfer of heme in bacterial heme-acquisition systems.
著者: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.

履歴

登録	2016年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5giz.cif.gz	224.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5giz.ent.gz	179.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5giz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5giz_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5giz_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	5giz_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5giz_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gj3C 5y89C 5y8aC 5y8bC 5gj1 PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vpj-4 1qn3-1 4fgi-3 4ado-2 5y8a-2 3l6g-d 3g9q-d 5y8a-1 6dun-d 4flp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative hemin transport system, substrate-binding protein

B: Putative hemin transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hemin transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative hemin transport system, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.983, 46.443, 222.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Putative hemin transport system, substrate-binding protein / periplasmic heme-binding protein BhuT 分子量: 28016.029 Da / 分子数: 2 / 断片: heme binding domain, UNP residues 40-305 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: hmuT / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B4EKB3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 % / Mosaicity: 0.262 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 28% PEG 3350, 0.1 M TrisHCl, 0.2 M NaSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 77435 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.034 / Net I/av σ(I): 25.891 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 432781

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	5.3	0.613	1	98.6
1.55-1.62	5.9	0.467	1	99.8
1.62-1.69	5.9	0.346	1	99.9
1.69-1.78	5.8	0.259	1	99.7
1.78-1.89	5.7	0.17	1	99.8
1.89-2.04	5.6	0.107	1	99.7
2.04-2.24	5.5	0.08	1	99.7
2.24-2.56	5.3	0.084	1	99.9
2.56-3.23	5.3	0.051	1	100
3.23-50	5.6	0.026	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GJ1

5gj1
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.5→35.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.744 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	3914	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1737	-	-	-
obs	0.1757	73463	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.14 Å² / B_iso mean: 19.884 Å² / B_iso min: 8.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→35.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3929	0	17	679	4625
B_iso mean	-	-	28.75	27.88	-
残基数	-	-	-	-	539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.981	5686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.453	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.103	21.333	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.873	15	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.319	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	959

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	264	-
R_work	0.263	5274	-
all	-	5538	-
obs	-	-	98.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6536	0.9794	1.0256	0.5813	0.6094	0.6394	0.0058	0.1727	-0.1483	0.0129	0.1009	-0.0961	0.0183	0.1058	-0.1068	0.1268	0.018	-0.042	0.0378	-0.0152	0.0715	-10.1824	18.7576	10.4572
2	0.6038	0.2008	0.1296	0.9848	0.112	0.0388	0.0258	-0.0233	0.0147	0.0376	-0.0287	0.0228	-0.0107	-0.0114	0.0029	0.0847	0.0031	-0.028	0.0291	-0.0005	0.0562	-17.2854	22.5529	15.448
3	0.858	-0.4033	0.269	0.5461	-0.2801	0.1792	0.2004	0.0455	-0.1821	-0.112	-0.0798	0.1125	0.1244	0.0368	-0.1206	0.1641	0.0115	-0.1079	0.0115	-0.0215	0.1008	-11.1678	11.0132	16.8441
4	0.2717	-0.5345	-0.6602	1.0844	1.49	3.2707	0.026	-0.0599	0.0683	-0.0012	0.1357	-0.1589	0.1787	0.1822	-0.1617	0.0526	0.0121	-0.0258	0.0457	-0.0205	0.0824	7.5685	16.9083	33.6574
5	1.3045	-0.153	-0.2441	0.4926	0.4475	0.8456	0.0162	-0.0832	-0.0169	-0.0191	-0.0552	0.0663	0.1127	-0.0809	0.0389	0.059	-0.0208	-0.0221	0.0428	-0.0007	0.0771	-11.3596	16.4468	43.1877
6	0.042	0.0021	0.1315	0.2522	0.1949	0.7118	0.029	-0.0347	-0.02	-0.0406	0.017	-0.0069	-0.0212	-0.0928	-0.046	0.0733	-0.0033	-0.0135	0.067	0.0025	0.0534	-5.63	26.1834	41.6179
7	0.9953	-0.1092	-0.318	0.4368	0.2701	0.2484	0.0706	0.1151	0.0098	-0.0326	-0.0013	-0.0553	-0.0303	-0.0523	-0.0693	0.086	0.0072	0.0066	0.0646	0.0352	0.083	12.2661	35.3646	10.6457
8	21.3014	-10.1059	-1.7462	4.8043	0.8346	0.1484	0.0049	0.4894	-1.9118	0.0586	-0.1945	0.9178	0.0177	-0.0272	0.1895	0.6533	0.0526	-0.0758	0.1197	-0.0297	0.2663	5.8387	29.8441	3.9973
9	1.8544	-0.451	-0.0706	0.3832	0.3252	0.6104	0.0092	0.0202	-0.2074	0.0601	0.0319	0.0724	-0.0324	0.0356	-0.0412	0.0804	0.0158	0.0025	0.008	-0.0068	0.0848	13.5058	30.5029	14.5726
10	1.7782	-0.4005	0.1247	0.5894	-0.066	0.5729	0.0537	0.0793	0.096	0.0616	-0.0038	-0.0816	0.0047	-0.0015	-0.0498	0.0807	0.0073	0.0049	0.007	-0.0071	0.0621	23.2236	36.1688	12.7912
11	1.0248	-0.4394	-0.2702	0.2527	-0.0018	0.465	0.1083	0.1015	0.1381	-0.0888	-0.0686	-0.0544	-0.031	-0.0682	-0.0397	0.0948	0.0326	0.0014	0.0637	0.0246	0.0549	8.6568	44.1768	10.9789
12	0.2752	-0.0943	0.2986	0.4276	-0.3834	0.9945	-0.0679	-0.0124	0.1192	0.0399	-0.0851	-0.0462	0.0017	0.0512	0.153	0.0479	0.0016	-0.0192	0.0321	-0.0035	0.0877	7.0552	41.8482	38.1867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	160 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	232 - 305
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	38 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	57 - 63
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	64 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	80 - 117
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	118 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	162 - 305

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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