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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gij | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of TDR-TDIF complex | |||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / LRR / TDR / TDIF / PXY / LRR-RK | |||||||||
機能・相同性 | ![]() procambium histogenesis / phloem development / xylem development / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding ...procambium histogenesis / phloem development / xylem development / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Morita, J. / Kato, K. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the plant receptor-like kinase TDR in complex with the TDIF peptide 著者: Morita, J. / Kato, K. / Nakane, T. / Kondo, Y. / Fukuda, H. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4mnaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BD
#1: タンパク質 | 分子量: 66735.195 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain, UNP residues 31-631 / 変異: C259A, C540S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TDR, PXY, At5g61480, MCI2.4 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FII5, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1280.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q84W98 |
-糖 , 5種, 11分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 8.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 4M sodium nitrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.8, 200mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→102.93 Å / Num. obs: 47698 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MNA 解像度: 3→57.556 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 153.97 Å2 / Biso mean: 76.1127 Å2 / Biso min: 45.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→57.556 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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