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- PDB-5hyx: Plant peptide hormone receptor RGFR1 in complex with RGF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyx
タイトルPlant peptide hormone receptor RGFR1 in complex with RGF1
要素
  • PTR-SER-ASN-PRO-GLY-HIS-HIS-PRO-HYP-ARG-HIS-ASN
  • Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g26540
キーワードTRANSFERASE / Plant Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of meristem identity / regulation of lateral root development / regulation of root morphogenesis / regulation of root development / maintenance of root meristem identity / regulation of root meristem growth / regulation of asymmetric cell division / peptide receptor activity / cellular response to phosphate starvation / regulation of reactive oxygen species metabolic process ...maintenance of meristem identity / regulation of lateral root development / regulation of root morphogenesis / regulation of root development / maintenance of root meristem identity / regulation of root meristem growth / regulation of asymmetric cell division / peptide receptor activity / cellular response to phosphate starvation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of cell division / peptide binding / growth factor activity / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI3 / Protein GOLVEN 11
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Arabidopsis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Song, W. / Han, Z. / Chai, J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Signature motif-guided identification of receptors for peptide hormones essential for root meristem growth
著者: Song, W. / Liu, L. / Wang, J. / Wu, Z. / Zhang, H. / Tang, J. / Lin, G. / Wang, Y. / Wen, X. / Li, W. / Han, Z. / Guo, H. / Chai, J.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g26540
A: PTR-SER-ASN-PRO-GLY-HIS-HIS-PRO-HYP-ARG-HIS-ASN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6975
ポリマ－70,8302
非ポリマー8673
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.335, 182.335, 87.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g26540


分子量: 69202.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-689 / 変異: V64T, G81E, M82K, D83Q, N104Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g26540, M3E9.30
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: C0LGR3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド PTR-SER-ASN-PRO-GLY-HIS-HIS-PRO-HYP-ARG-HIS-ASN


分子量: 1627.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arabidopsis (植物) / 参照: UniProt: Q3E880*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 22% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月21日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.596→99 Å / Num. obs: 33085 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 53.39 Å2 / Net I/av σ(I): 19.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.596→12.022 Å / FOM work R set: 0.7942 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1679 5.08 %
Rwork0.1906 31369 -
obs0.1928 33048 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.49 Å2 / Biso mean: 26.7 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.596→12.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4897 0 56 79 5032
Biso mean--27.85 22.29 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4216827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3491900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5955-2.67110.35061280.247526242752100
2.6711-2.75630.30791600.230125722732100
2.7563-2.85360.26311300.214826452775100
2.8536-2.96620.31351540.218725832737100
2.9662-3.0990.29451310.234326422773100
3.099-3.25930.26011420.216326282770100
3.2593-3.45890.29061330.209826302763100
3.4589-3.71860.24181260.186126212747100
3.7186-4.07950.19621470.16426232770100
4.0795-4.63990.17241560.14422576273299
4.6399-5.73790.21031340.17362623275799
5.7379-12.02190.23241380.21052602274099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.2409 Å / Origin y: 105.2053 Å / Origin z: -48.1996 Å
111213212223313233
T0.0328 Å20.0079 Å2-0.0099 Å2-0.2221 Å2-0.0199 Å2--0.0594 Å2
L0.2196 °20.1523 °2-0.1275 °2-0.82 °2-0.3998 °2--0.568 °2
S0.0633 Å °-0.0063 Å °-0.0116 Å °0.0044 Å °-0.1059 Å °-0.1213 Å °-0.012 Å °0.3275 Å °0.0308 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB61 - 6501
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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