PDB-5ghr: DNA replication protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ghr

タイトル

DNA replication protein

要素

Putative uncharacterized protein
SsDNA-specific exonuclease

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/REPLICATION / DNA replication / DNA BINDING PROTEIN-REPLICATION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

exonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.509 Å

データ登録者

Oyama, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Atomic structure of an archaeal GAN suggests its dual roles as an exonuclease in DNA repair and a CMG component in DNA replication.
著者: Oyama, T. / Ishino, S. / Shirai, T. / Yamagami, T. / Nagata, M. / Ogino, H. / Kusunoki, M. / Ishino, Y.

履歴

登録	2016年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ghr.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ghr.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ghr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ghr_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ghr_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	5ghr_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	5ghr_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/5ghr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/5ghr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ghsC 5ghtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uj0-2 5cyy-1 3uj0-1 3t8s-2 5i3q-d 6xd1-d 5ghs-1 3e4b-2 6i3o-1 6ld1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SsDNA-specific exonuclease

B: Putative uncharacterized protein

C: SsDNA-specific exonuclease

D: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SsDNA-specific exonuclease

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SsDNA-specific exonuclease

D: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.097, 116.004, 234.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SsDNA-specific exonuclease 分子量: 53425.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK1252 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5JGL0
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 9242.874 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 131-188 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0536 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5JF31
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.89 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 45946 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 19.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.509→25.038 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 26.64
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	4322	5.08 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.2139	45946	98.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.509→25.038 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7089	0	25	60	7174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.505	9753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.207	2719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5094-2.5379	0.3708	124	0.2757	2162	X-RAY DIFFRACTION	80
2.5379-2.5677	0.302	127	0.2685	2481	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5677-2.599	0.3436	158	0.2621	2553	X-RAY DIFFRACTION	94
2.599-2.6319	0.3144	140	0.2511	2610	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6319-2.6665	0.3517	139	0.2605	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6665-2.703	0.2886	133	0.2544	2578	X-RAY DIFFRACTION	96
2.703-2.7415	0.2791	126	0.2448	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7415-2.7824	0.2863	151	0.2471	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7824-2.8258	0.3115	176	0.2505	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8258-2.8721	0.3332	124	0.2588	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8721-2.9215	0.2839	180	0.2478	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9215-2.9746	0.2793	155	0.2436	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9746-3.0317	0.3282	126	0.2527	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0317-3.0935	0.2526	151	0.2515	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0935-3.1606	0.2879	161	0.2336	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1606-3.234	0.3045	132	0.229	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.234-3.3147	0.3181	154	0.2389	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3147-3.4041	0.298	129	0.2233	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4041-3.504	0.2487	156	0.2195	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.504-3.6168	0.2746	125	0.2037	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6168-3.7456	0.1865	149	0.1967	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7456-3.8951	0.1899	165	0.1859	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8951-4.0716	0.1939	125	0.1745	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0716-4.2853	0.1927	144	0.1727	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2853-4.5523	0.2033	170	0.1724	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5523-4.9014	0.2149	161	0.1731	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9014-5.3902	0.1806	129	0.1919	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3902-6.16	0.2219	123	0.2147	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
6.16-7.7229	0.2355	141	0.1985	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7229-25.0391	0.234	148	0.1896	2729	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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