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万見
- PDB-5g5f: Crystallographic structure of the Tau class glutathione S-transfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5f
タイトルCrystallographic structure of the Tau class glutathione S-transferase MiGSTU in complex with reduced glutathione.
要素TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / TAU CLASS / MANGO / DETOXIFICATION / REDUCED GLUTATHIONE.
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin catabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種MANGIFERA INDICA (マンゴウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Valenzuela-Chavira, I. / Serrano-Posada, H. / Lopez-Zavala, A. / Hernandez-Paredes, J. / Sotelo-Mundo, R.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Insights Into Ligand Binding to a Glutathione S-Transferase from Mango: Structure, Thermodynamics and Kinetics
著者: Valenzuela-Chavira, I. / Contreras-Vergara, C.A. / Arvizu-Flores, A.A. / Serrano-Posada, H. / Lopez-Zavala, A.A. / Garcia-Orozco, K.D. / Hernandez-Paredes, J. / Rudino-Pinera, E. / Stojanoff, ...著者: Valenzuela-Chavira, I. / Contreras-Vergara, C.A. / Arvizu-Flores, A.A. / Serrano-Posada, H. / Lopez-Zavala, A.A. / Garcia-Orozco, K.D. / Hernandez-Paredes, J. / Rudino-Pinera, E. / Stojanoff, V. / Sotelo-Mundo, R.R. / Islas-Osuna, M.A.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _software.version
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2826
ポリマ－25,5511
非ポリマー7325
水93752
1
A: TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,56512
ポリマ－51,1012
非ポリマー1,46410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5330 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.483, 48.240, 52.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 25550.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MANGIFERA INDICA (マンゴウ)
解説: THE MIGSTU SEQUENCE WAS IDENTIFIED FROM A MANGO HADEN MESOCARP CDNA SHOTGUN-CDNA SEQUENCING PROJECT.
プラスミド: PJEXPRESS404 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8NWC2*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0, 25%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 5 MM GSH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CMOS / 日付: 2015年12月4日 / 詳細: HELIOS MX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20.3 Å / Num. obs: 9224 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
PROTEUM2データ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL BASED ON THE STRUCTURE OF WHEAT TAU CLASS GLUTATHIONE S-TRANSFERASE. PDB ENTRY 1GWC.

1gwc


解像度: 2.3→20.277 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 924 10.02 %
Rwork0.1925 --
obs0.1976 9224 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 48 52 1826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0352445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.765670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42120.26711180.21591116X-RAY DIFFRACTION92
2.4212-2.57260.32761310.21251145X-RAY DIFFRACTION94
2.5726-2.77070.21751300.20641171X-RAY DIFFRACTION96
2.7707-3.04870.25521340.20311179X-RAY DIFFRACTION97
3.0487-3.48790.25431350.2091202X-RAY DIFFRACTION97
3.4879-4.38710.22051370.171226X-RAY DIFFRACTION99
4.3871-20.27770.22251390.17711261X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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