PDB-5g4v: Association of four two-k-turn units based on Kt-7 3bG,3nC, formi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g4v

タイトル

Association of four two-k-turn units based on Kt-7 3bG,3nC, forming a square-shaped structure

要素

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
HMKT-7

キーワード

DNA BINDING / KINK TURN / L7AE / NANO CRYSTAL PACKING / NANOTECHNOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nanoscale / 年: 2016
タイトル: A Quasi-Cyclic RNA Nano-Scale Molecular Object Constructed Using Kink Turns.
著者: Huang, L. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2016年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5g4v.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5g4v_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g4v_full_validation.pdf.gz	519.6 KB	表示
XML形式データ	5g4v_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5g4v_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4v	HTTPS FTP

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HMKT-7

B: HMKT-7

C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

E: HMKT-7

F: HMKT-7

G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

78.9 kDa, 8 ポリマー
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1

A: HMKT-7

B: HMKT-7

C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 4 ポリマー
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2

E: HMKT-7

F: HMKT-7

G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.650, 70.640, 92.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: RNA鎖	HMKT-7 分子量: 6209.809 Da / 分子数: 4 / 断片: KINK TURN MOTIF / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
#2: タンパク質	50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE / RIBOSOMAL PROTEIN L8E 分子量: 13522.559 Da / 分子数: 4 / 断片: K-TURN BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD PLYSS / 参照: UniProt: O29494

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M CA CHLORIDE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9196
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→30.49 Å / Num. obs: 16952 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 98.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.87→2.94 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BW0

4bw0

解像度: 2.87→30.493 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	813	4.8 %
R_work	0.2118	-	-
obs	0.2147	16937	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 109.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→30.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3600	1648	0	0	5248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.718	7852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.232	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8701-3.0498	0.4044	132	0.3513	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0498-3.285	0.3714	125	0.2924	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.6151	0.3237	141	0.2866	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6151-4.1371	0.3487	144	0.2434	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1371-5.2081	0.2792	125	0.1975	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2081-30.4943	0.2091	146	0.1631	2751	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0488	-0.0852	-0.1247	1.1374	1.2869	1.3667	-0.9003	-1.0843	-0.4265	0.5361	-0.0944	-0.456	-0.2753	0.395	-0.9571	0.8924	0.2243	-0.4791	1.0474	0.1169	0.9446	99.3319	27.999	37.4128
2	0.3782	-0.0126	0.3279	0.9564	0.3576	0.6018	-0.5956	0.229	0.2514	-0.0586	0.4675	-1.549	-0.8148	1.1516	-0.0302	0.8188	0.1713	-0.1312	0.9537	0.1519	0.9632	101.5362	24.6289	26.7236
3	0.6105	0.2716	-0.0596	0.3441	0.6254	1.7708	-0.5818	0.3631	0.3753	0.4654	0.375	0.7222	0.0606	-0.4242	-0.1185	0.6512	0.1386	0.0301	0.8214	0.0146	0.8956	111.9136	30.5209	13.9738
4	1.4414	-0.4051	0.1572	0.7397	0.2833	1.4718	-1.1209	-0.1314	1.5941	0.789	0.25	0.8739	-0.3118	-0.5938	-1.6063	0.8848	0.2268	-0.2359	0.7487	-0.0297	1.0333	115.3326	36.8606	19.8754
5	0.1257	0.0364	-0.0932	0.0001	-0.0048	0.0954	-0.2815	0.0054	-0.1505	0.1226	-0.159	-1.3458	0.1422	0.0604	0.0016	0.7222	0.085	-0.0663	0.6744	0.0478	0.9745	103.1582	20.3294	25.1304
6	0.9404	-0.5416	0.2074	1.1663	-0.0092	0.0431	-0.5915	0.1743	0.3234	-0.2898	-0.9511	-0.0437	0.0569	-0.6443	-0.2682	0.9304	1.0089	-0.2766	2.1973	0.247	0.5458	73.9827	25.4083	21.9446
7	0.1834	-0.0968	-0.1147	0.153	0.1215	0.1193	0.2071	-0.6519	-0.0223	0.6139	-0.4739	0.9538	-0.0188	-1.1031	0.0036	0.694	0.149	-0.0118	0.9718	-0.1186	0.7879	79.4168	12.4149	32.9326
8	0.4589	0.3152	-0.0835	0.2128	-0.052	0.0139	-0.6529	0.3207	-0.4103	0.0055	-0.2359	0.069	-0.1487	0.1082	0.0063	0.821	0.1174	-0.0465	0.7418	0.0229	0.7689	91.2403	12.7439	25.9474
9	0.2142	-0.0741	-0.1043	0.4363	0.5315	0.623	-0.3582	-0.1152	-0.152	-0.2591	-0.3321	-0.0062	-0.4638	0.5407	-0.0777	0.7774	0.0464	-0.0226	0.8072	0.0914	0.7784	91.3879	18.4944	18.0353
10	0.1176	-0.1476	-0.0252	0.2646	0.2044	0.1851	-0.5433	-0.1163	-0.3696	-0.2398	0.1031	-0.1927	0.1943	-0.0405	-0.009	0.3838	0.8643	-0.2874	0.6875	0.3801	0.2634	84.9796	14.5769	20.3157
11	0.0241	0.012	0.0399	0.0218	-0.0098	0.0283	0.1532	0.2309	0.3359	-0.1635	-0.0748	-0.1579	0.2048	0.0225	-0.0028	1.015	0.4207	-0.0007	0.9911	0.1519	0.9292	84.106	30.3035	22.5764
12	0.1023	-0.0203	0.0877	-0.0046	-0.0007	0.0643	-0.0074	-0.1295	-0.113	-0.2237	0.2167	0.3195	-0.091	-0.0097	0.0248	-0.117	1.6412	-2.3779	1.3326	0.9794	-2.885	81.4804	20.8465	13.0285
13	0.3078	0.1016	-0.2206	0.3115	-0.0895	0.1953	0.0153	-0.223	-0.5752	0.2314	-0.0911	-0.0781	-0.2155	-0.724	-0.0064	0.788	0.2744	-0.0242	0.7487	0.0792	0.5632	83.8305	20.4442	28.4176
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'G' AND (RESID 32 THROUGH 40 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN 'G' AND (RESID 41 THROUGH 50 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN 'G' AND (RESID 51 THROUGH 61 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN 'G' AND (RESID 62 THROUGH 68 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN 'G' AND (RESID 69 THROUGH 86 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN 'G' AND (RESID 87 THROUGH 93 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN 'G' AND (RESID 94 THROUGH 103 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN 'G' AND (RESID 104 THROUGH 117 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN 'H' AND (RESID 9 THROUGH 25 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'H' AND (RESID 26 THROUGH 31 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'H' AND (RESID 32 THROUGH 40 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'H' AND (RESID 41 THROUGH 50 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'H' AND (RESID 51 THROUGH 61 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'H' AND (RESID 62 THROUGH 68 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'H' AND (RESID 69 THROUGH 93 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'H' AND (RESID 94 THROUGH 103 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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