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Yorodumi- PDB-5g4u: Association of three two-k-turn units based on Kt-7 3bU,3nU, form... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5g4u | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Association of three two-k-turn units based on Kt-7 3bU,3nU, forming a triangular-shaped structure | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RNA/PROTEIN / RNA-PROTEIN COMPLEX / RNA / KINK TURN / L7AE / NANO CRYSTAL PACKING / NANOTECHNOLOGY | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (archaea) HALOARCULA MARISMORTUI (Halophile) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
Citation | Journal: Nanoscale / Year: 2016Title: A Quasi-Cyclic RNA Nano-Scale Molecular Object Constructed Using Kink Turns. Authors: Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5g4u.cif.gz | 421.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5g4u.ent.gz | 349.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5g4u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5g4u_validation.pdf.gz | 519.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5g4u_full_validation.pdf.gz | 560 KB | Display | |
| Data in XML | 5g4u_validation.xml.gz | 33.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5g4u_validation.cif.gz | 46.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4u | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5g4tC ![]() 5g4vC ![]() 4bw0S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Components
| #1: RNA chain | Mass: 6171.753 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: KINK TURN MOTIF / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) HALOARCULA MARISMORTUI (Halophile)#2: Protein | Mass: 13522.559 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: K-TURN BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (archaea) / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.9 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 6.5 / Details: 1.6 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE (PH 6.5) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9191 |
| Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL / Date: May 20, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9191 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.65→52.25 Å / Num. obs: 45710 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.65→2.72 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.6 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4BW0 Resolution: 2.65→51.87 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1 / Phase error: 29.76
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 2 Å / VDW probe radii: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→51.87 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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