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万見
- PDB-5g4a: AadA in complex with ATP and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g4a
タイトルAadA in complex with ATP and magnesium
要素(Aminoglycoside (3'') (9) ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ADENYL TRANSFERASE / ANT(3'')9 / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase AadA/Aad9 / Adenylyltransferase AadA, C-terminal domain / Aminoglycoside adenylyltransferase, C-terminal domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase / Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stern, A.L. / van der Verren, S. / Selmer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism of AadA, a dual-specificity aminoglycoside adenylyltransferase fromSalmonella enterica.
著者: Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Kanchugal P, S. / Nasvall, J. / Gutierrez-de-Teran, H. / Selmer, M.
履歴
登録2016年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
B: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,67525
ポリマ－61,1762
非ポリマー2,49823
水9,548530
1
A: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,79712
ポリマ－30,6041
非ポリマー1,19311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,87713
ポリマ－30,5721
非ポリマー1,30512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.330, 82.330, 79.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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Aminoglycoside (3'') (9) ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase


分子量: 30604.154 Da / 分子数: 1
断片: NUCLEOTIDYLTRANSFERASE DOMAIN AND ALPHA-HELICAL DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
株: ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. LT2 / 遺伝子: aadA / プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0W4NPT0, UniProt: Q8ZPX9*PLUS
#2: タンパク質 Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase


分子量: 30572.088 Da / 分子数: 1
断片: NUCLEOTIDYLTRANSFERASE DOMAIN AND ALPHA-HELICAL DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
株: ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. LT2 / 遺伝子: aadA / プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0W4NPT0, UniProt: Q8ZPX9*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 553分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 103.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 10% W/V PEG 20 000, 20% V/V PEG MME 550, 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 0.02 M EACH OF SODIUM L-GLUTAMATE, DL-ALANINE, GLYCINE, DL-LYSINE HCL AND DL-SERINE (MORPHEUS SCREEN, MOLECULAR DIMENSIONS)

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月28日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.165 Å / Num. obs: 46215 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -0.3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 23.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CS6

4cs6


解像度: 1.9→41.165 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2.39 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE IS WEAK UN-MODELLED DENSITY FOR THE C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG. WATER MOLECULES A2130, A2131, A2044 AND B2032, B2101, B2102 ARE MODELLED IN DENSITY THAT MAY REPRESENT AN UNKNOWN LIGAND.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 2337 5 %
Rwork0.1761 --
obs0.1784 46747 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4146 0 119 530 4795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9076154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.242727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93880.53471180.51472223X-RAY DIFFRACTION84
1.9388-1.98090.31691390.28352655X-RAY DIFFRACTION100
1.9809-2.0270.27011370.23082600X-RAY DIFFRACTION100
2.027-2.07770.25981410.21572667X-RAY DIFFRACTION100
2.0777-2.13390.28171370.2022618X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.19670.25861430.20572708X-RAY DIFFRACTION100
2.1967-2.26760.32751340.27922537X-RAY DIFFRACTION98
2.2676-2.34860.21561390.18332647X-RAY DIFFRACTION100
2.3486-2.44260.21531390.16992638X-RAY DIFFRACTION100
2.4426-2.55380.2041390.16822635X-RAY DIFFRACTION100
2.5538-2.68840.2391390.17032639X-RAY DIFFRACTION100
2.6884-2.85680.21771400.17022665X-RAY DIFFRACTION100
2.8568-3.07730.21241370.17142614X-RAY DIFFRACTION100
3.0773-3.38680.19551390.15982631X-RAY DIFFRACTION100
3.3868-3.87660.21461400.14522653X-RAY DIFFRACTION100
3.8766-4.88290.17451390.12782646X-RAY DIFFRACTION100
4.8829-41.17460.16631370.14292634X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.9525 Å / Origin y: 71.339 Å / Origin z: 56.9177 Å
111213212223313233
T0.1142 Å20.0011 Å20.0032 Å2-0.1148 Å20.0008 Å2--0.1429 Å2
L-0.091 °20.0148 °20.0207 °2-0.4365 °20.342 °2--0.4338 °2
S-0.0425 Å °-0.0005 Å °-0.0042 Å °-0.0001 Å °-0.0079 Å °0.1525 Å °-0.0024 Å °-0.0651 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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