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- PDB-5g3m: Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3m
タイトルDiscovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor.
要素GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE / SPLA2 / CARDIOVASCULAR DISEASE / INHIBITOR / FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear receptor-mediated signaling pathway / phosphatidylserine metabolic process / phosphatidylethanolamine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidic acid metabolic process / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI ...nuclear receptor-mediated signaling pathway / phosphatidylserine metabolic process / phosphatidylethanolamine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidic acid metabolic process / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / phospholipase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / Synthesis of PA / production of molecular mediator involved in inflammatory response / negative regulation of cholesterol efflux / intestinal stem cell homeostasis / arachidonate metabolic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of arachidonate secretion / positive regulation of lipid storage / macrophage activation / phospholipase A2 / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / fertilization / phosphatidylcholine catabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / prostaglandin biosynthetic process / signal transduction involved in regulation of gene expression / arachidonate secretion / hair follicle morphogenesis / regulation of macrophage activation / erythrocyte maturation / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / acrosomal vesicle / axon guidance / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / defense response to virus / lysosome / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-BENZYLBENZAMIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Group 10 secretory phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sandmark, J. / Bodin, C. / Hallberg, K.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Azd2716: A Novel Secreted Phospholipase A2 (Spla2) Inhibitor for the Treatment of Coronary Artery Disease
著者: Giordanetto, F. / Pettersen, D. / Starke, I. / Nordberg, P. / Dahlstrom, M. / Knerr, L. / Selmi, N. / Rosengren, B. / Larsson, L.O. / Sandmark, J. / Castaldo, M. / Dekker, N. / Karlsson, U. / Hurt-Camejo, E.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2
B: GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,74027
ポリマ－27,2892
非ポリマー2,45125
水1,820101
1
A: GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,02915
ポリマ－13,6451
非ポリマー1,38514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,71112
ポリマ－13,6451
非ポリマー1,06611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.570, 85.122, 103.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.001815, 0.007798), (0.007978, 0.3077, 0.9514), (-0.000673, 0.9515, -0.3077)
ベクター: -6.257, -21.41, 29.1)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 / SECRETED PHOSPHOLIPASE A2 / GROUP X SECRETORY PHOSPHOLIPASE A SPLA2-X / PHOSPHATIDYLCHOLINE 2-ACYLHYDROLASE 10


分子量: 13644.535 Da / 分子数: 2 / 断片: MATURE SPLA2-X, UNP RESIDUES 43-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: O15496, phospholipase A2

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-9JH / 4-BENZYLBENZAMIDE / 4-ベンジルベンズアミド


分子量: 211.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 40% PEG 400, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.5418
検出器日付: 2007年3月9日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→103.3 Å / Num. obs: 21292 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→65.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 3.51 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23222 1060 5.1 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.20032 19648 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→65.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 151 101 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.272.0122849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79334476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8535256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8542592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39815317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.862158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9651.833994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9661.83993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5832.7391242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4482.1621130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.845→1.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.748 22 -
Rwork0.631 548 -
obs--37.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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