PDB-5g34: Structure of Rad14 in complex with acetylaminoanthracene-C8-guani...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g34

タイトル

Structure of Rad14 in complex with acetylaminoanthracene-C8-guanine containing DNA

要素

5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*6FKP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
RAD14

キーワード

CELL CYCLE / DNA REPAIR / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Simon, N. / Ebert, C. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Bulky Adduct DNA Lesion Recognition by the Nucleotide Excision Repair Protein Rad14.
著者: Schneider, S. / Simon, N. / Ebert, C.

履歴

登録	2016年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5g34.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g34_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g34_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	5g34_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5g34_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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リシン (Ricin)
類似性 (2)

登録構造単位

A: RAD14

B: RAD14

C: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*6FKP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

D: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

E: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*6FKP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

ヘテロ分子

49.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.065, 53.065, 130.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 188 - 301 / Label seq-ID: 2 - 115

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.000262, -1, -0.000757), (-1, -0.000263, 0.00076), (-0.00076, 0.000757, -0.999999)	79.59855, 79.60873, -66.46721

#1: タンパク質	RAD14 分子量: 15612.728 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 188-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28519
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPTPCPTPAP6FKPTPCPAPTPCPAPCP)-3' 分子量: 4722.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖	5'-D(GPTPGPAPTPGPAPCPGPTPAPGPAPGP)-3' 分子量: 4384.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GUANOSINE AT POS.8 IS MODIFIED AT C8 BY ACETYLAMINOANTHRACENE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.2 Å / Num. obs: 28204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A3D

5a3d

解像度: 1.9→53.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.474 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24392	1361	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21721	-	-	-
obs	0.21849	26848	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.079 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1858	1164	2	55	3079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.016	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.987	1.663	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.288	3	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.942	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.325	24.63	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.337	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.884	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.307	1.335	916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.298	1.331	915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.284	1.983	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.194	2.162	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
673	medium positional	0.11	0.5
1164	loose positional	0.45	5
673	medium thermal	1.88	2
1164	loose thermal	2.66	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	89	-
R_work	0.342	1914	-
obs	-	-	96.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7409	1.1475	-2.2907	2.513	-1.7263	8.3135	-0.1396	0.108	-0.0819	-0.2065	0.0394	0.0785	0.3759	0.116	0.1002	0.3289	0.0763	0.0082	0.3362	0.0094	0.3374	49.5441	50.5566	-65.7265
2	1.0491	3.2571	-1.0905	10.6188	-4.1895	2.6017	0.0814	0.0169	-0.0887	0.1072	-0.1449	-0.2998	0.0005	0.12	0.0635	0.3468	0.054	0.0206	0.3505	0.0021	0.3707	47.4778	54.3292	-63.125
3	1.8955	-0.4584	-1.2151	1.5936	0.2266	0.7962	0.2176	0.2489	0.0173	0.0861	-0.146	0.0849	-0.1104	-0.1792	-0.0716	0.3141	0.0188	0.001	0.3327	0.0293	0.3416	35.4111	56.2346	-51.5298
4	2.5793	0.3106	2.0937	1.3275	0.9891	3.5123	0.0915	0.1425	-0.009	0.0331	-0.0847	-0.008	0.109	0.0645	-0.0068	0.3203	0	0.0144	0.2897	0.0363	0.2954	40.663	54.612	-47.9826
5	6.6815	-3.6966	1.1336	2.8071	1.6674	7.3916	-0.1768	-0.0377	-0.304	0.1175	0.0853	0.3151	0.0415	-0.1328	0.0915	0.0482	-0.0459	0.0013	0.4382	0.2207	0.4525	21.7585	60.0387	-53.8038
6	41.3301	3.9714	34.0194	10.2494	6.0215	28.7786	0.2104	-0.5559	-0.0103	1.4097	0.1199	-1.1572	0.591	-0.4449	-0.3303	0.3825	-0.0927	0.0319	0.3302	-0.0331	0.5329	17.8267	70.3563	-44.3344
7	2.9521	0.7874	-3.2318	2.5188	-2.0344	6.0546	0.0231	-0.1588	-0.041	0.2204	-0.135	-0.0758	0.0559	0.4351	0.1119	0.3084	0.0914	0.003	0.3495	0.0176	0.3375	28.9962	30.023	-0.7431
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13	2.2531	-2.5489	-0.6055	3.0362	1.2778	2.5484	-0.4513	0.053	-0.5254	0.5575	-0.0181	0.664	0.4831	0.1029	0.4694	0.4601	-0.0884	0.1597	0.1814	0.0246	0.4655	30.6108	58.8709	-33.9499
14	11.1705	-2.6673	-2.3817	0.7558	0.6378	0.5481	0.1774	0.6754	-0.1276	0.0062	-0.2988	0.3062	-0.015	-0.1773	0.1213	0.3146	0.0309	0.1155	0.3094	-0.0967	0.6718	15.6644	44.889	-34.4955
15	2.8078	-1.651	0.3754	1.09	0.7754	8.5001	-0.0064	0.4445	0.1184	-0.0174	-0.2068	-0.0256	-0.2701	0.4731	0.2132	0.2669	-0.0103	-0.0217	0.3521	0.0531	0.319	20.0396	42.9707	-29.1874
16	1.4538	-3.8541	-0.1727	10.3161	0.4443	0.0227	0.0207	-0.0012	0.0882	-0.073	0.0242	0.0265	0.0006	0.0081	-0.045	0.006	0.0233	-0.0366	0.3498	0.1167	0.7036	29.6981	61.638	-34.4117
17	4.1972	-4.9241	0.4439	5.7849	-0.5202	0.0567	0.435	0.4028	0.6513	-0.4921	-0.5195	-0.7943	0.0855	0.0661	0.0844	0.2643	-0.015	0.1176	0.4761	0.1774	0.3853	20.846	49.0065	-32.5509
18	6.9509	-8.1358	1.57	9.6203	-1.7745	0.4039	-0.5668	-0.2133	0.7219	0.6128	0.3075	-0.6609	-0.0978	-0.0163	0.2593	0.3376	0.0364	-0.0823	0.2907	0.1291	0.4233	34.8825	63.9	-31.9335
19	2.0073	-3.6101	-0.6689	6.5069	1.2429	0.5041	-0.2192	0.0732	-0.2085	0.3628	-0.1156	0.4369	0.1955	-0.1365	0.3348	0.4292	-0.1394	0.0653	0.3079	0.0682	0.3999	36.4599	59.6332	-37.2977
20	5.6441	-1.863	0.9731	0.6229	-0.3147	0.1747	0.0256	0.4635	0.4844	0.0033	-0.1593	-0.0975	0.03	0.0871	0.1337	0.3518	0.0128	0.0548	0.1903	0.0017	0.535	17.8529	49.9069	-31.6096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	209 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	219 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	188 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	209 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	219 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	248 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	279 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	296 - 301
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 9
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	10 - 14
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 6
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	7 - 14
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 9
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	10 - 14
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	1 - 6
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	7 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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