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- PDB-5g2w: S. enterica HisA mutant D10G, G102A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g2w
タイトルS. enterica HisA mutant D10G, G102A
要素1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
キーワードISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF
機能・相同性
機能・相同性情報


1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA, bacterial-type / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis, HisA-like / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Guo, X. / Soderholm, A. / Newton, M. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes.
著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3563
ポリマ-27,1641
非ポリマー1922
93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.960, 85.960, 121.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-189-

GLU

21A-2048-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 27164.033 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100
プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A0A630AQ07, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.15
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 5.15, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16100 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5.26 / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 29.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.22
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 5.26 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G1T
解像度: 2.099→47.079 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 15-25, 175-182, 245-256 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 805 5 %
Rwork0.1676 --
obs0.1702 16099 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→47.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 10 52 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0732475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.536654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0994-2.23090.2431290.18792458X-RAY DIFFRACTION100
2.2309-2.40320.25631320.19282502X-RAY DIFFRACTION100
2.4032-2.6450.22291320.17972507X-RAY DIFFRACTION100
2.645-3.02770.23581320.17132515X-RAY DIFFRACTION100
3.0277-3.81430.19721360.15492575X-RAY DIFFRACTION100
3.8143-47.09040.21591440.16132737X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6085-4.0894.76038.916-0.58344.2248-0.54310.38131.1034-0.512-0.0170.559-0.6118-0.67690.63030.3888-0.0055-0.02790.44180.09470.5337.131134.2634-9.7286
22.0388-1.6378-0.51754.23271.86810.98190.40030.2030.2616-0.1826-0.0943-0.2468-0.30310.1088-0.27250.3372-0.07550.03520.25050.06080.207512.968932.8815-15.755
34.02581.1183-0.2265.0173-0.60363.27250.01520.04830.2483-0.23280.07750.6153-0.047-0.5151-0.06760.27420.0092-0.02380.22560.02540.23133.136827.31-11.7764
45.83353.9691-6.44793.6751-3.1998.3070.04290.35660.16580.12350.13520.1691-0.1212-0.4119-0.2490.24950.0131-0.00380.19920.00840.20063.93621.0483-10.1229
58.8561-3.2478-4.50457.00751.34672.5112-0.23610.1217-0.1586-0.2507-0.01570.69080.0618-0.96990.270.2713-0.01890.00280.3344-0.05030.2363-0.473516.5459-12.3049
65.7698-1.5645-4.046.72391.26673.6318-0.3241-0.0993-0.42440.15150.18180.42420.2539-0.17160.18360.2107-0.00180.00250.21430.00220.1956-3.157814.11250.5637
70.71391.80541.87334.06514.31054.4462-0.22090.03670.02940.15340.1826-0.05340.25490.1570.09670.2625-0.0090.03070.2655-0.00820.29093.20218.24451.9185
82.9761-0.3984.7426.39661.92029.6775-0.3402-0.4360.26691.45040.20140.06070.1511-0.88510.24060.53130.07820.0470.36940.00940.35290.308626.36616.6184
94.26722.5480.68297.1871-6.46468.6922-0.15660.37280.5628-0.53370.9348-0.9603-0.59070.3588-0.3610.4056-0.05330.16350.3010.09580.5329-6.450431.7429.7259
105.1307-5.566-5.39916.05525.57386.0661-0.3467-0.6886-0.57420.87540.15220.57170.15870.46660.16070.35510.02520.07950.31720.06090.30390.338818.555613.7492
116.36012.54511.2355.79550.2484.3921-0.0946-0.21660.20290.01180.04630.0009-0.20820.15160.08910.1950.06020.04420.22530.02520.22616.783419.01238.1812
126.75073.9087-2.64847.1314-1.78158.3983-0.0038-0.48420.45870.75860.11710.3906-0.4372-0.2381-0.04940.27220.058-0.04270.2830.00850.213213.14217.428613.1989
137.79254.9035-4.14264.2858-4.36724.8430.3163-0.60640.24070.4616-0.4601-0.4106-0.41560.58320.16410.3096-0.0381-0.03110.2920.00580.224417.164328.80885.5347
146.4471-3.03524.79917.1053-4.86924.89710.1968-0.1944-0.35780.2971-0.1806-0.076-0.35960.617-0.08760.2092-0.0398-0.00520.25870.02570.253216.53922.82944.5984
158.7774-0.91234.48622.3491-2.87144.9169-0.0205-0.54660.23960.5222-0.01420.5167-0.6054-0.0719-0.05060.2574-0.060.05960.18490.0180.232916.724337.085-4.1807
162.17750.6675-0.40232.8185-3.99117.5159-0.0121-0.6005-0.23780.74650.2978-0.6464-0.08620.5793-0.17490.2814-0.0244-0.02650.32360.05210.361525.782929.0442-0.4985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:30)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 31:37)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 38:68)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 69:85)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 86:97)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 98:118)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 119:131)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 132:143)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 144:148)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 149:157)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 158:186)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 187:196)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 197:216)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 217:223)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 224:236)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 237:247)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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