PDB-5g23: Type IV-like pilin TTHA1219 from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g23

タイトル

Type IV-like pilin TTHA1219 from Thermus thermophilus

要素

TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / NATURAL COMPETENCE / TYPE IV PILUS / DNA UPTAKE

機能・相同性

: / Type IV pilin Tt1219 / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation site / Probable general secretion pathway protein J

機能・相同性情報

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Karuppiah, V. / Derrick, J.P.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of Type Iv Pilins from Thermus Thermophilus Demonstrate Similarities with Type II Secretion System Pseudopilins
著者: Karuppiah, V. / Thistlethwaite, A. / Derrick, J.P.

履歴

登録	2016年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月7日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g23.cif.gz	294.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g23.ent.gz	249.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g23_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g23_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	5g23_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	5g23_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/5g23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/5g23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g24C 5g25C 5g2fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ixw-2 3p6u-d 3l61-d 4l49-d 3p6n-d 3wri-2 3wnb-d 3wnc-d 1mpw-1 4lc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

B: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

C: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

D: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

B: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

D: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.400, 66.950, 97.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	43 - 235
2	1	B	43 - 235
1	2	A	43 - 236
2	2	C	43 - 236
1	3	A	43 - 236
2	3	D	43 - 236
1	4	B	42 - 235
2	4	C	42 - 235
1	5	B	42 - 235
2	5	D	42 - 235
1	6	C	42 - 236
2	6	D	42 - 236

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.4911, -0.2417, -0.8369), (-0.3263, -0.9418, 0.0805), (-0.8077, 0.2335, -0.5414)	32.815, 26.4601, 49.7223
2	given	(0.5817, -0.0364, -0.8126), (-0.0837, -0.9964, -0.0153), (-0.8091, 0.0769, -0.5826)	28.2388, 57.198, 44.1757
3	given	(0.9873, 0.1274, 0.0952), (-0.1402, 0.9796, 0.1436), (-0.0749, -0.1551, 0.985)	-2.9444, -32.8189, 12.3465

#1: タンパク質	TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219 分子量: 25126.736 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: Q5SIZ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.01M ZINC CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5 AND 20% (W/V) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→35.94 Å / Num. obs: 70620 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoSHARP		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定
autoSHARP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→96.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 6.489 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20878	3564	5 %	RANDOM
R_work	0.18025	-	-	-
obs	0.18173	67037	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	-1.09 Å²
2-	-	0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→96.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	0	556	6264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	5581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.843	1.986	7939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.665	3	12823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.384	5	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.905	23.362	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.003	15	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.021	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.613	1.906	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.612	1.904	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.658	2.842	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.056	2.149	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20732	0.13
1	2	B	20732	0.13
2	1	A	21100	0.11
2	2	C	21100	0.11
3	1	A	20480	0.14
3	2	D	20480	0.14
4	1	B	20640	0.13
4	2	C	20640	0.13
5	1	B	20610	0.13
5	2	D	20610	0.13
6	1	C	20188	0.15
6	2	D	20188	0.15

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	266	-
R_work	0.266	4955	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1832	0.026	-0.3256	1.1016	0.2166	1.7881	-0.069	0.0161	-0.0459	0.0856	0.0199	0.0191	0.0658	-0.0776	0.0491	0.0418	0.0005	-0.0145	0.0043	-0.0025	0.0151	22.3574	15.4836	36.2148
2	1.3329	-0.2537	0.0962	1.2094	0.1646	0.7855	-0.0165	-0.0243	0.0783	0.0602	-0.0012	0.073	-0.0363	-0.0135	0.0177	0.0171	-0.0058	-0.0037	0.0042	0.0022	0.0157	9.5902	9.9047	15.324
3	1.5408	-0.0135	-0.1799	1.0119	-0.0519	0.9136	0.0042	-0.0508	0.0758	0.0592	0.0203	0.0506	-0.0328	-0.0212	-0.0244	0.0236	-0.0028	-0.0066	0.004	0.0014	0.012	6.7101	41.01	10.0437
4	1.0326	0.0929	0.1859	1.2326	0.2254	1.3733	-0.0141	-0.0722	-0.0467	0.0577	-0.0368	0.0509	-0.0381	-0.0746	0.0509	0.0629	0.0007	-0.0325	0.0132	0.0004	0.0265	16.478	46.8383	32.2492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 236
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	42 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	42 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	40 - 236

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