PDB-5g1l: A double mutant of DsbG engineered for denitrosylation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g1l

タイトル

A double mutant of DsbG engineered for denitrosylation

要素

THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

キーワード

ISOMERASE / S-(DE)NITROSYLATION / TRX FAMILY / CXXC MOTIF / DSBG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein disulfide isomerase activity / chaperone-mediated protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tamu Dufe, V. / Van Molle, I. / Lafaye, C. / Wahni, K. / Boudier, A. / Leroy, P. / Collet, J.F. / Messens, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Sulfur Denitrosylation by an Engineered Trx-Like Dsbg Enzyme Identifies Nucleophilic Cysteine Hydrogen Bonds as Key Functional Determinant.
著者: Lafaye, C. / Van Molle, I. / Tamu Dufe, V. / Wahni, K. / Boudier, A. / Leroy, P. / Collet, J. / Messens, J.

履歴

登録	2016年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g1l.cif.gz	204.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g1l.ent.gz	166.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g1l_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g1l_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	5g1l_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	5g1l_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g1kC 1v57S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h0g-3 2h0i-3 4mxe-2 6xp4-d 1x2h-d 3p39-d 6gk4-d 4qqf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

B: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

B: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

ヘテロ分子

A: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

B: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.650, 57.030, 85.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2224- HOH

#1: タンパク質	THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG 分子量: 28506.004 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77202
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	P110G, Y111P MUTATIONS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.75, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.12 Å / Num. obs: 61466 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.73
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.75 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V57

1v57

解像度: 1.7→43.138 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	6147	10 %
R_work	0.1681	-	-
obs	0.1705	61466	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.138 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3467	0	20	459	3946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	5147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.389	2287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2788	194	0.2435	1749	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7193-1.7396	0.2804	201	0.2389	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7396-1.7608	0.2551	201	0.2309	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7831	0.2466	205	0.2115	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7831-1.8065	0.2514	207	0.2081	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.2035	202	0.2061	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8574	0.2564	206	0.1969	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8852	0.2044	203	0.1865	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9146	0.2138	206	0.1874	1857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2333	205	0.1807	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9796	0.2003	205	0.1726	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0156	0.2082	204	0.1715	1840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0543	0.2028	203	0.1747	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0963	0.2157	207	0.1846	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0963-2.1419	0.2041	205	0.1771	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1419-2.1917	0.1898	205	0.1672	1853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1917-2.2465	0.1743	204	0.1568	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2465-2.3072	0.1889	204	0.1619	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.3751	0.1978	207	0.1693	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4518	0.2112	204	0.1686	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.5394	0.2002	204	0.171	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5394-2.641	0.2001	206	0.174	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.7612	0.2055	204	0.1752	1840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7612-2.9068	0.2052	206	0.1751	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9068-3.0888	0.1988	207	0.1793	1860	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0888-3.3272	0.1888	207	0.1698	1857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3272-3.6619	0.1657	205	0.1492	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6619-4.1914	0.1516	207	0.1382	1854	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1914-5.2793	0.1673	209	0.1385	1886	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2793-43.1515	0.1747	214	0.1696	1918	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 57.3098 Å / Origin y: 35.5353 Å / Origin z: 18.8667 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1678 Å²	-0.0002 Å²	0.0072 Å²	-	0.1671 Å²	0.0009 Å²	-	-	0.1701 Å²
L	0.3595 °²	0.2096 °²	0.0884 °²	-	0.1877 °²	0.062 °²	-	-	0.0213 °²
S	0.0217 Å °	0.0174 Å °	0.0408 Å °	0.0148 Å °	-0.0186 Å °	0.0187 Å °	-0.0082 Å °	-0.0008 Å °	-0.0035 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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