PDB-5g1k: A triple mutant of DsbG engineered for denitrosylation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g1k

タイトル

A triple mutant of DsbG engineered for denitrosylation

要素

THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

キーワード

ISOMERASE / S-(DE)NITROSYLATION / TRX FAMILY / CXXC MOTIF / DSBG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein disulfide isomerase activity / : / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Tamu Dufe, V. / Van Molle, I. / Lafaye, C. / Wahni, K. / Boudier, A. / Leroy, P. / Collet, J.F. / Messens, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Sulfur Denitrosylation by an Engineered Trx-Like Dsbg Enzyme Identifies Nucleophilic Cysteine Hydrogen Bonds as Key Functional Determinant.
著者: Lafaye, C. / Van Molle, I. / Tamu Dufe, V. / Wahni, K. / Boudier, A. / Leroy, P. / Collet, J. / Messens, J.

履歴

登録	2016年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.2	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g1k.cif.gz	197.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g1k.ent.gz	159.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g1k_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g1k_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	5g1k_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	5g1k_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g1lC 1v57S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h0g-d 2h0h-d 2h0i-d 1v57-d 5g1l-d 4giz-2 1v58-d 2ckg-d 3c20-1 2nqp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

B: THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.920, 57.220, 86.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	THIOL DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBG 分子量: 28536.098 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77202
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	P110G, Y111P AND T200M MUTATIONS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.75, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→46.44 Å / Num. obs: 40638 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.58
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V57

1v57

解像度: 1.96→42.872 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	4063	10 %
R_work	0.1916	-	-
obs	0.1965	40638	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→42.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3455	0	15	313	3783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	5018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.693	2222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.9831	0.2591	136	0.2146	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9831-2.0072	0.2726	139	0.2161	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0072-2.0327	0.3009	144	0.2192	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0327-2.0594	0.2667	138	0.2096	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0594-2.0876	0.2684	138	0.2122	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0876-2.1174	0.2765	143	0.1986	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1174-2.149	0.28	138	0.1977	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.1826	0.2482	140	0.1999	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1826-2.2184	0.2493	139	0.1883	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2184-2.2567	0.2396	141	0.1885	1264	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2567-2.2977	0.2594	141	0.1946	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2977-2.3419	0.2446	139	0.1948	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3419-2.3897	0.2677	140	0.2057	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3897-2.4416	0.276	137	0.1991	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4416-2.4984	0.2536	143	0.1961	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4984-2.5609	0.2848	139	0.216	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5609-2.6301	0.2733	139	0.2097	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6301-2.7075	0.26	143	0.2108	1285	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7075-2.7949	0.2684	139	0.2077	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7949-2.8948	0.2556	139	0.2041	1253	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8948-3.0106	0.2406	141	0.2017	1267	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0106-3.1476	0.2778	141	0.1954	1265	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1476-3.3135	0.2569	138	0.1987	1244	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3135-3.521	0.221	140	0.1755	1256	X-RAY DIFFRACTION	99
3.521-3.7927	0.2088	141	0.1794	1271	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7927-4.1741	0.2038	140	0.1638	1264	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1741-4.7774	0.2276	140	0.1727	1261	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7774-6.0164	0.2167	142	0.1871	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0164-42.8824	0.1969	145	0.1901	1306	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 57.7015 Å / Origin y: 35.801 Å / Origin z: 19.0719 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2324 Å²	-0.0146 Å²	0.0058 Å²	-	0.2241 Å²	-0.0001 Å²	-	-	0.2162 Å²
L	0.4227 °²	0.3037 °²	0.1346 °²	-	0.2126 °²	0.0972 °²	-	-	-0.1485 °²
S	0.0131 Å °	0.0678 Å °	0.0431 Å °	0.0248 Å °	0.0063 Å °	0.018 Å °	-0.0057 Å °	0.0316 Å °	-0.0194 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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